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在现阶段,复杂性状关联分析在小鼠遗传学处中处于非常重要的位置,但是实验中使用的近交系小鼠由于基因组多态性不够丰富,在进行关联分析过程中经常受到限制,于是研究人员迫在眉睫的是寻找多态性更为丰富的资源。野生小家鼠由于其生活环境复杂,进化历史较长,且连锁不平衡程度低,SNP密度高,成为了研究复杂性状相关联研究的优秀资源库。我国地域辽阔,其野生小家鼠资源尚待发掘,本研究对我国野生小家鼠亚种分布遗传多样性进行研究。本研究在全国13个省市36个采样点94只野生小家鼠。采样点涵盖了我国动物地理区划7个分区,即东北区、华北区、蒙新区、青藏区、西南区、华中区、华南区。本研究从以下方面对我国野生小家鼠遗传多样性进行研究：(1)应用LDR基因分型技术对线粒体编码区进行了SNP分析；(2)应用荧光-构象敏感凝胶电泳并结合DNA直接测序技术,对Y染色体SNP进行挖掘及基因分型,用于评价野生小家鼠父系遗传多样性；(3)以数据库中1号染色体SNP数据为基础,应用LDR技术对样本进行基因分型,用于明确我国小家鼠亚种分类。研究结果如下：(1)我国野生小家鼠线粒体编码区单倍型分析共发现9种单倍型,其中H1,H5与H9为主频单倍型,分别占采样群体的37%,16%和29.6%,其它单倍型分别有主频单倍型相关,通过与数据库已有小家鼠亚种序列比对分析,发现H1单倍型组与M.m.castaneus单倍型一致,而H5、H9与M.m.musculus单倍型一致。以上两组单倍型将我国野生小家鼠分为南北两个亚种。(2)Y染色体单倍型主要分为两种,H1和H2为主单倍型,分别占比例为20.31%和40.63%。其中河南,黑龙江,山东,辽宁,新疆等地的野生小家鼠都属于H1单倍型(GCATC),江浙沪以及云南湖北等地的样本都属于H2单倍型(ACATC),H1和H2根据数据库中SNP数据,分别代表了我国北方和南方的两种亚种分布状态,北方为M.m.musculus,南方为M.m.castaneus。(3)1号染色体上选取9个SNP位点作为Tag-SNP,构建9种单倍型,其中A1与A2为主单倍型,比例为50.67%和25.33%,分别以长江为界,分布在我国南方与北方。野生小家鼠遗传多样性丰富,野生小家鼠迁徙与人类活动息息相关。我国野生小家鼠是现有实验小鼠遗传资源的重要补充,将其遗传背景多样性结合实验小鼠研究复杂性状相关基因具有良好前景。