金融危机后,全球重新反思实体经济和虚拟经济的关系,并提出“制造业回归”,但是这种回归不是简单的重复,而是回归到以自主创新为主导的新型制造业,制造业再次成为各国竞争的焦点。我国制造业发展已进入后阶段,产业升级出现了瓶颈。与发达国家相比,我国制造业附加值水平较低,并且自2008年起我国制造业不仅没有升级,还发生了倒退的现象。我国制造业产业升级面临的困境来源于我国在工业化进程的前阶段主要靠投资来拉动,注重数量上的增长,而不是附加值的提高。因此,如何更有效地推动我国制造业产业升级是亟待解决的难题。目前我国反复提出“大众创业、万众创新”的概念,希望以自主创新作为驱动来推动我国制造业产业升级。产业升级分为产业结构升级及产业链升级,已有文献中学者大量讨论自主创新与产业结构升级之间的关系,以及全球化合作与产业链升级之间的关系,而自主创新对产业链升级影响的研究不足。因此,笔者以产业链为视角,利用理论分析及实证分析的方法探讨自主创新对我国制造业产业升级的影响。产业链升级以微笑曲线理论为基础,自主创新多种途径推动产业升级：(1)创新推动市场需求；(2)创新促进技术变革；(3)创新促进产业内要素流动；(4)创新引导国际贸易变化。通过对我国制造业产业升级的特征事实研究发现：(1)我国制造业处于全球价值链低端区位,致使附加值水平与发达国家产生较大的差距；(2)我国工业化前期以投资拉动经济增长,导致制造业产能严重过剩,金融危机爆发后,国内外需求水平下降使产能过剩显现出来,因此制造业附加值水平逐年下降。这两点都是由于我国制造业对创新投入过低所致。笔者进而考察我国制造业自主创新的特征事实,分析企业所有制、产业集中度与自主创新的关系,发现：(1)外商、港澳台及混合制企业是我国制造业创新的中坚力量；私营企业具有一定创新优势但整体创新能力有待提高；国有企业创新投入最多,但是创新产出及创新效率不足；集体企业创新能力最差；(2)寡头主导型市场结构下的企业创新行为是最活跃的；产业集中度过低、企业规模差异过小是制约企业创新的重要因素。最后,笔者通过实证检验来考察自主创新、人均资本、产业集中度、企业所有制与产业升级之间的关系。实证的结果显示：(1)自主创新对产业升级具有正向的促进作用,传统行业虽然创新投入程度不高,但较高技术行业而言,增加创新的投入对产业升级的推动更加明显；(2)人均资本存量对产业升级也具有正向的促进作用；(3)产业集中度越高,产业升级水平越高；(4)外商及港澳台企业比例越高,产业升级水平越高。本文最后,笔者在对前文研究成果进行总结的基础上提出我国制造业产业升级的对策建议。(1)解决我国制造业产能过剩问题；(2)提升我国制造业自主创新能力；(3)注重我国传统行业产业升级。