对灰树花菌株的酯酶同工酶、多酚氧化酶同工酶、过氧化物酶同工酶、淀粉酶同工酶、蛋白、SDS变性蛋白的标记方法进行了研究，筛选出酯酶同工酶和过氧化物酶同工酶两种标记方法较适合灰树花的遗传分析。 研究了培养基类型、培养天数、培养温度、培养基初始pH值、培养基中碳源、培养基中氮源、培养基中无机离子这些培养灰树花菌丝的环境条件和营养条件对酯酶同工酶和过氧化物酶同工酶条带产生的影响，并以正交设计研究了培养基营养组合的影响。最终表明，在25℃下，以PDA综合培养基(马铃薯20％；葡萄糖2％；磷酸二氢钾0.25％；硫酸镁0.15％；蛋白胨0.5％；琼脂2％；维生素B1微量；pH自然)，平板培养15天，可获得带型最丰富、染色最清晰的酯酶同工酶和过氧化物酶同工酶。 对栽培灰树花子实体不同时期和不同组织部位的酯酶同工酶和过氧化物酶同工酶进行了研究。泰安灰树花成菇的酯酶同工酶带型最丰富，菇蕾的过氧化物酶同工酶带型最丰富。三个栽培品种子实体都以菌盖边缘的酯酶和过氧化物酶的带型最为丰富。 对所有菌株的提取酶液进行酯酶和过氧化物酶的电泳检测共获得51条酶带，酯酶酶带44条，Rf值(迁移率)在0.055-0.92之间，过氧化物酶酶带7条，迁移率在0.034-0.46之间；通过NTSYSpc2.0软件遗传分析表明，两两菌株间相似系数在0.5882-1.0000之间；聚类分析显示，在相似系数为0.84的水平上，可以将68个菌株划分为11个类群。 以所有菌株为研究材料，用ISSR引物AC06、GT07、CA06分别对所有菌株进行了PCR扩增，获得80条清晰的DNA条带，片段大小在0.25-4.5Kb之间；遗传分析表明，两两菌株间相似系数在0.3750-1.0000之间；聚类分析显示，在相似系数为0.80的水平上，可以将68个菌株划分为11个类群。 探讨并展望了同工酶技术在灰树花及食用菌领域的应用，提出了与以往遗传分析不同的数据统计方法。