1937年日本占领上海以后,扶植汉奸势力建立汪伪政权,开始对上海进行殖民统治。太平洋战争爆发后,日本对华政策发生改变,通过汪伪政府间接控制上海地区,实行战时物资统制政策。商统会及其下层组织同业公会就具体负责推行物资统制政策。沦陷时期的上海市百货商业同业公会,其内部组织及人事上虽然并没有太大的变化,但是已经完全被汪伪政府所控制,公会管理运行上的问题都要请示汪伪政府。作为商统会的下层机关,上海市百货商业同业公会协助汪伪政府参与了物资统制的各个方面,如物价管理、打击囤积居奇等不法行为、办理物资移动证明及物资配给、税收管理等等,在物资统制中发挥了重要的作用。百货商业同业公会作为同业商人代表的社会团体,在维护同业利益方面也尽到了一定的责任,但是这些都是在不损害汪伪政府利益的前提下,汪伪政府会根据自己的利益和需要,选择性地接受和批准,但是很多试图维护同业利益的提案并没有得到汪伪政府的认可。虽然客观上说,汪伪时期的上海市百货商业同业公会在当时凭借自身的影响力,在协助稳定物价,维护市场秩序等方面起到了一定的积极作用。但是应该看到,当时的百货商业同业公会协助汪伪政府推行物资统制政策,损害了同业商人的利益,已经成为汪伪政府实行经济统制的统治工具。