同行评议,处于一定的社会与境之中,是整个社会系统的构成部分,同时对于自身而言又是一个独立的系统。同行评议系统整体及其各组成部分,在社会系统、自身系统内部均有位置,并与其他众多不同层级的社会节点之间存在着多重关系链接,各部分发挥着相应的效用,相互协作,从而推动整个系统的正常运作。本文以社会学的一个重要理论——结构功能主义为视角,系统构建同行评议系统的结构,并剖析其功能,挖掘其利益冲突产生的根源。本文中同行评议系统是广义的,主要由外部环境系统、内部系统(狭义的同行评议系统)构成,二者之间是相互支持关系。外部环境系统包括政府行政部门、社会经济组织两部分,二者之间是服务与支持关系；内部系统根据其参与者分为评议组织、评议专家、评议对象三个构成部分,评议对象向评议组织递交申请,评议组织直接委托评议专家,评议专家做出评议判断,三者之间形成了封闭环形的委托与代理关系结构。同行评议系统整体发挥着适应、目标达成、整合、维模四大功能,执行这四项基本功能的子系统分别为有机体系统、人格系统、社会共同体系统、文化系统,并不断维持着系统整体的平衡。同行评议内部系统,三个构成部分均有显功能和潜功能,其中显功能为主体,具体而言：同行评议组织的显功能是组织研究成果评估、发布评议结果、传播评议成果；评议专家显功能是做出客观科学评估判断；评议对象的显功能是做出研究成果,为系统提供核心对象。同行评议系统中利益冲突的产生,其原因有三：系统结构的不平衡、系统功能的偏离、评议者自身的社会属性的局限性。其预防对策可从以下三方面入手：第一,平衡内部系统与外部系统、内部系统各构成部分之间的结构关系、地位及职权；第二,通过文化体系、制度体系、法律体系等规范同行评议系统的功能；第三,制定科学的专家遴选标准,扩大专家数据库。