环境污染问题伴随我国社会的发展一直存在,在经济发展取得重大突破的同时,环境污染问题也变得日益严峻。特别是环境污染中的水问题已经不再是一个单一区域的问题,而是呈现出跨区域水污染的发展趋势。水环境具有整体性、治理的复杂艰巨性等特征,因此,污染在得不到精准治理的情况下极易成为跨行政区、跨流域的公共事件。然而,传统的行政模式又不足以应对跨区域水污染,这成为摆在各地政府面前的难题。跨区域水污染协同治理理念的提出,恰好为解决以上问题提供了可能。由于各地在水污染治理方面,大都缺乏沟通与协调,跨区域协同治理机制比较缺乏,治理效果一直不够明显。为此,我国应当积极地探索科学、合理、完善的跨区域水污染协同治理机制,通过多方努力,共同为营造良好的生态自然环境出力。本文的研究,通过引入淮河流域水污染协同治理的案例,分析了当前淮河流域水污染协同治理中存在的主要问题,如生态价值理念存在差异,跨区域水污染治理协同性差、跨区域水污染治理缺乏长效监控机制,缺乏法律保障、跨区域水污染治理责任机制不健全,资源整合不到位以及跨部门水污染治理缺乏统一平衡性目标,系统性不强等。进而结合问题提出了完善跨区域水污染协同治理机制的有效对策,如建立跨区域水污染协同治理的组织运行机制、建立跨区域水污染协同治理的执法监察机制、建立跨区域水污染协同治理的激励考核机制以及建立跨区域水污染协同治理的运行保障机制等。