自2001年11月我国第一家农村商业银行——张家港农商行组建以来，这一新兴的农村金融机构已走过了整整12年的发展历程。在这十二年间，农商行无论从银行总量、资产规模还是盈利能力、资产质量等方面均实现了质的飞跃，整体运营水平也得到了显著提高。作为未来农村金融领域的主力军之一，要求其具有更高的运营效率。那么，当前我国农村商业银行的运营效率究竟如何？哪些因素的存在影响了效率的提高？如何改进与发展？　　 为此，选取了当前15家富有代表性的农村商业银行为样本，首先运用DEA方法对2006-2011年各家银行的效率表现进行了详细计算与比较分析，最后通过定性分析找出了我国农村商业银行绩效表现的主要影响因子，并通过多元回归分析对其影响方向与程度做了定量检验。最终发现:①当前我国农商行的整体效率偏低，与完全有效还有一定差距。2010年之前一直是内部管理水平欠佳影响了农商行的绩效表现，2010年之后却转变成规模的盲目扩张引发的规模不经济拉低了整体运营效率;②资产规模1000亿元以上的大型农商行整体效率表现落后于中小型农商行，这从一个侧面表明合并改制与一家农信社或农合行单独改制相比，更不利于效率提高;③股份制改革对农商行效率（特别是管理效率）的提升作用显著，但是基础稍弱的银行会经历一个短暂而低效的调整期才能使股改作用得以发挥，而基础较好的银行过渡更加平稳;④农村商业银行的运营效率与股权性质、资本充足率显著正相关，与股权集中度、不良贷款率与业务创新程度显著负相关。　　 有所贡献之处在于:打破了对农村金融机构效率研究的区域化特色，进行了全局性的定量研究。对农村商业银行的效率表现进行跨年度（2006-2011年）、分类别（按资产规模划分）的横向、纵向比较分析，同时还对比了股改前后的效率变化状况，视角更加全面。