基于实时PCR的多靶检测技术研究

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作为重要的均相检测技术,实时PCR因具有快速、简便、灵敏、特异、可定量等优点,已被广泛应用于分子生物学研究和医学研究等领域。然而,受目前实时PCR仪可检测的荧光通道数目的限制,实时PCR存在检测容量小的问题,难以在单次反应中检测多个靶序列。针对这个问题,本论文对实时PCR多靶检测技术展开了研究,研究工作主要包括对多色组合探针编码技术的研究及探针熔解曲线分析技术的研究。第一部分,提出了多色组合探针编码技术,并考察了该技术分别用于多靶识别和多突变检测的可行性。在该部分第一章,以多种食源性致病菌为检测对象,利用改良分子信标作为检测探针,将多色组合探针编码技术用于八种食源性致病菌的识别,所建立的检测体系可以准确识别八种食源性致病菌的任意一种,具有快速、简便、通量高、特异性好等优点。第二章,详细考察了荧光双链置换探针受Taq DNA聚合酶的5′→3′核酸外切酶活性的影响及其规律,为多色组合探针编码技术用于多种突变的检测打下基础。第三章,以β-珠蛋白基因多种突变为检测对象,通过结合HAND系统和荧光双链置换探针技术,将多色组合探针编码技术用于多种突变的检测,在单个反应管中实现对5种中国常见β-地中海贫血突变的检测和21种基因型的分型。第二部分,发展了新的探针熔解曲线分析技术。多色荧光检测和T_m多重检测是实现实时PCR多靶检测的有力工具。然而,目前的荧光探针具有难以同时结合多色荧光检测和T_m多重检测的缺陷。因此,在该部分第一章,首先系统考察了目前常用的荧光探针用于熔解曲线分析的可行性,比较各探针用于熔解曲线分析的优缺点,并发现改良分子信标探针是特别适合用于熔解曲线分析的荧光探针。第二章,以β-珠蛋白基因多种突变为检测对象,考察了改良分子信标探针熔解曲线法用于检测多种突变的能力,并在此基础上,根据中国常见β-地中海贫血突变发生频率,建立了两管多重多色突变检测体系,实现了对中国常见15种β-地中海贫血突变的检测和基因分型。
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