二代测序鉴定胃癌基因突变

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胃癌是世界范围内最常见的恶性肿瘤之一,发病率在所有肿瘤中排第四位,在癌症所致的死亡中胃癌引起的死亡居于第二位。胃癌在我国的发病率和死亡率较高,胃癌严重影响我国人民的健康甚至生命。胃癌的发生过程是一个多因素的、多环节的、多个基因共同参与的复杂过程,为胃癌的诊断及治疗带来了极大的困难。目前胃癌的治疗方法主要包括:根治性手术、化学疗法及生物治疗。其中手术治疗是胃癌治疗的主要方法,目前胃癌患者预后差源于多数患者在就诊时已处于进展期,失去手术最佳时机,从而在一定程度上影响了治疗效果,因此,目前关于胃癌早期诊断、易感基因、治疗靶点的研究已成为胃癌研究的热点。积极探索与胃癌发生发展相关的分子生物标记和治疗靶点,有助于为胃癌的诊断治疗提供新的方法。二代测序技术的出现和发展为肿瘤研究人员提供了强有力的新工具,极大地提高了基因组的测序通量,为解开肿瘤复杂庞大的基因变异开辟了新的途径。  目的:为了在分子水平发现与胃癌发生发展相关的基因变异,发现胃癌中潜在的高频突变基因,为发现胃癌发生发展中相关的分子标记和潜在的治疗靶点提供理论依据。  方法:胃癌组织样本由实验员携带便携式液氮罐于手术室收集,编号后转送至-80℃超低温冰箱中存放备用。在肿瘤体细胞变异目录数据库上筛选出与肿瘤相关的基因,利用二代测序平台对胃癌组织进行了291个肿瘤相关基因的靶向深度测序,对测序得到的数据进行处理和分析,与千人基因组计划数据库比对,得到胃癌患者中的高频变异基因,进一步进行基因富集通路分析及高频变异位点在胃癌患者中的临床病理意义。  结果:经检测发现,胃癌样本的突变位点主要分布于外显子及内含子区域,突变位点对应的功能主要为非同义单核苷酸变异及同义单核苷酸变异。平均每个样本中存在407个单核苷酸变异(其中包含233个同义突变和174个非同义突变)和9个插入缺失变异。经过筛选过滤发现,在148个基因中存在非同义突变,其中77个基因在两个或两个以上的样本中存在变异。突变率较高的基因有TTN,ALK,MUC2,MCC,ATR,SPRR2B,CASP7,PRKDC,NEMF,TP53,FAT4,CYP2B6,FMN2。变异基因所富集的通路如p53 signaling pathway,TGF-βsignaling,apoptosis以及Nucleotide excision repair等信号通路,这些信号通路可能与胃癌的发生机制存在一定的相关性。本研究未发现高频变异位点与胃癌患者的临床病理特征存在明显的相关性。  结论:  1.胃癌组织中的高频突变基因为TTN,ALK,MUC2,MCC,ATR,SPRR2B,CASP7,PRKDC,NEMF,TP53,FAT4,CYP2B6,FMN2等,其中TTN,SPRR2B,PRKDC,NEMF,CYP2B6以及FMN2基因可能是胃癌中新的变异基因。  2.变异基因所富集的通路主要为p53 signaling pathway,TGF-βsignaling,apoptosis等。  3.未发现TTN rs12693166,rs2627043;ALK rs3795850,rs1881420;MUC2 rs2856111,rs56365200这些高频突变位点与胃癌临床病理存在相关性。
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