解淀粉芽孢杆菌TJ与LJ1比较基因组学分析

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LJ1和TJ是从天津土壤中分离并保存的两株解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens),对多种病原真菌有拮抗作用,对黄瓜白粉病有较好的防效作用,但TJ防效要优于LJ1。本研究对2个菌株进行全基因组测序和分析,拟从基因组组分比较其防效差异的原因,具体的研究结果如下:1运用Illumina HiSeq 2000和PacBio RS测序仪对解淀粉芽孢杆菌LJ1和TJ全基因组序列进行测定。LJ1基因组全长4,192,735 bp,GC含量46.0%,共编码4,027个蛋白,它共有75个tRNA,9个rRNA操纵子,69个串联重复区域、1长末端重复序列。TJ基因组全长4,061,552 bp,GC含量46.4%,共编码3,955个蛋白,它共有71个t RNA,9个rRNA操纵子,139个串联重复区域、2个长末端重复序列。2用gyrA和gyrB基因构建系统发育树,结果显示与解淀粉芽孢杆菌FZB42亲缘关系较近。3通过基因组注释,LJ1和TJ含有大量与糖代谢相关的基因,同时含有多种抗生素合成的基因簇如:表面活性素、伊枯草菌素、芬荠素、嗜铁素、榕杆菌素、地非西丁、大环内酯、杆菌烯在内的脂肽类和聚酮类抗生素,还能分泌多种细菌素和杀死线虫的碱性丝氨酸蛋白,综合基因组分析:TJ基因组小于LJ1基因组,自身代谢负担轻,与FZB42合成脂肽类和聚酮类抗生素的基因簇一致性高,同时小菌素的基因簇只在TJ基因组中发现,而羊毛硫抗生素摩萨西丁的基因簇只在LJ1基因组中发现。
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