在国家大力发展创新驱动战略的背景下,战略性新兴产业作为我国新一代创新体,其在研发设计、创新能力等方面与传统产业相比具有显著的优势,同时也是实现我国经济高质量发展、产业转型升级的支柱力量。为此,2012年7月,国务院出台《“十二五”国家战略性新兴产业发展规划》,规划要求大幅提升产业创新能力,逐步完善创新创业环境。同时明确指出要整合现有政策资源、加大财税政策支持、充分利用现有资金渠道,建立稳定的财政投入增长机制;2016年12月国务院印发《“十三五”国家战略性新兴产业发展规划》,强调十三五期间作为我国全面决胜小康社会的关建时期,战略性新兴产业大有可为,也要发挥财政资金引导作用,创新财税政策支持方式,完善战略性新兴企业股权激励个人所得税政策。从中可以看出,税收政策作为国家调节经济运行、引导和支持产业发展的一项重要工具,我国政府高度重视税收优惠政策对战略性新兴产业研发投入和科技成果转换等方面的激励和支持,而科学地评价税收优惠政策的激励效应也是财税领域研究的热点问题。本文以战略性新兴产业上市公司为研究对象,探讨和分析流转税和所得税税收优惠政策对新兴产业研发投入的影响和效应,以1446家战略性新兴产业上市公司为样本企业进行深入分析和研究。通过收集和整理国内外关于税收政策与研发投入的相关文献,阐述了税收政策与企业研发投入的理论基础,分析了流转税和所得税优惠对企业研发投入的作用机制。并在介绍当前战略性新兴产业的发展和研发现状以及对战略性新兴产业的税收优惠政策进行梳理的基础上,采用上述上市公司的2015-2018年的数据,利用统计软件实证考察和分析了流转税和所得税优惠对我国战略性新兴产业上市公司研发投入的关系及效应,并在此基础上,探讨区域异质性的不同影响。实证研究结果表明:（1）整体上来看,流转税优惠比所得税优惠更能促进新兴企业研发。（2）所得税优惠对我国中部和北部沿海地区有显著正向激励效应。（3）流转税优惠对我国的东部沿海、南部沿海及中西部地区具有正向激励作用,且对南部沿海和西部地区的激励作用较大。最后,根据在研发现状分析和税收政策梳理中发现的问题以及研究结果,提出完善战略性新兴产业税收优惠政策的建议,包括促进我国战略性新兴产业发展以及研发的对策建议,其中后者具体包括推动我国各区域研发投入的均衡发展、平衡各行业的税收优惠政策、实施对金融企业的税收优惠政策、加强对企业研发的外部监督以及完善战略性新兴产业的所得税政策和流转税政策。