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本研究采用ISSR分子标记对白木香[Aquilaria sinensis(Lour.)Gilg]的遗传多样性进行了分析,目的在于了解白木香居群的遗传多样性水平、遗传结构以及居群间的遗传分化,为白木香资源的保护与开发利用提供理论依据。主要结果如下:建立了适合于白木香的ISSR-PCR反应体系和反应程序。25μl PCR反应体积中,1~*PCR buffer,2.0 mmol/L MgCl2,100 ng模板DNA,200μmol/L dNTP,1.1 UTaq DNA聚合酶,0.4μmol/L引物。最佳扩增程序为:94℃预变性5 min,然后进行45个循环:94℃变性45 s,复性温度根据各引物的TM值略低1-2℃,45 s,72℃延伸75 s,循环结束后72℃延伸7 min。实验利用16条ISSR引物对8个居群共126个白木香个体及7个泰国沉香个体进行了扩增,共得到168条谱带,其中白木香156条,泰国沉香143条。分析表明,白木香物种水平的遗传多样性较高(PPF=84.62%;Na=1.8462,Ae=1.4378,Hpop=0.2643,I=0.4038);居群水平上的遗传多样性相对较低(PPF=38.78%,Na=1.3878,Ae=1.2637,Hpop=0.1497,I=0.2196),其中广东茂名居群的遗传多样性最高。白木香物种水平的遗传多样性高,主要的原因是其在较近的历史时期分布比较连续,居群间存在广泛的基因交流;而居群水平的遗传多样性相对不足,是物种自身生物学特性,及外界的人为、自然等多方面因素综合作用的结果。分析结果表明,白木香居群间存在较大的遗传分化,居群间的遗传分化系数GST=0.4425,表明居群内遗传分化大于居群间的分化。UPGMA聚类分析及主成分分析结果显示白木香分化为两个谱系,其中谱系Ⅰ由广东、福建、海南的5居群组成,谱系Ⅱ由广西、云南的3个居群组成。白木香居群间的遗传分化大,居群间的基因交流受到阻碍(Nm=0.6633＜1),阻碍主要产生于两个谱系间,而谱系内部的居群间在较近的历史时期基因交流频繁(其基因交流值分别为1.4382和1.2333);造成谱系分化原因主要是地理因素,在谱系的交界处有云开山脉等形成的天然屏障,阻碍物种的扩展和基因交流。分析结果还表明,泰国沉香(Aquilaria agallocha Roxb)和中国分布的白木香之间有较大的遗传差异,从而在分子水平上证明了它们种的地位是明确的。此外,根据白木香遗传多样性分布格局,提出了相应的保护策略。