本研究以大口黑鲈为研究对象，旨在通过对大口黑鲈MyoD基因和MSTN基因单核苷酸多态性位点研究及其与生长相关分析，为大口黑鲈辅助育种提供分子标记位点。 本研究采用RT-PCR和RACE方法获得大口黑鲈MyoD基因的cDNA序列全长1157bp，其中3’非编码区314bp，开放阅读框843bp，编码280个氨基酸。采用PCR技术和基因组步移技术从大口黑鲈基因组DNA中扩增得到MyoD基因及其5’调控区序列。该基因序列全长3797bp，其中5’调控区长1077bp，MyoD基因转录区由3个外显子(分别为591bp、81bp和78bp)和2个内含子(分别为1077bp和486bp)组成。并分别对MyoD基因的cDNA和基因组序列进行了分析。 利用PCR-SSCP技术和直接测序法分别对大口黑鲈MyoD基因和MSTN基因进行SNP位点筛选，结果表明MyoD基因序列中存在7个突变点，均位于内含子上；MSTN基因序列启动子和第一外显子分别获得1个突变点。用获得的9个SNPs位点对大口黑鲈养殖群体进行突变比例分析，突变范围在0.042～0.496之间。最后利用限制性内切酶Tag I和Alu I分别对启动子和外显子突变点进行PCR-RFLP多态性检测，MSTN基因启动子和第一外显子突变位点酶切后都产生三种基因型和两种等位基因。其中启动子突变点三种基因型之间的多重比较结果表明：基因型AA在大口黑鲈的平均体重、全长、体长等方面都比基因型BB要高，其中基因型AA平均体重比基因型BB的高10.5％，这说明基因型AA对大口黑鲈的生长有一定的促进作用，但基因型AA与基因型BB之间对大口黑鲈体重、全长和体长的影响还未达到显著差异(P>0.05)；本研究的结果暗示了MSTN基因启动子117处AA基因型对大口黑鲈体重、全长和体长等生长性状有一定的促进作用。本研究的结果为进一步研究MyoD基因和MSTN基因与大口黑鲈生长性能关系奠定了基础，尝试为大口黑鲈的育种工作提供分子标记。