新疆具有独特的地貌地形和严酷的生态环境,公益林显著特点表现在资源总量大,单位数量小,分布范围广,管护难度大,但对生态环境贡献却是巨大的。公益林建设经过多年的保护、经营和管理,取得了骄人的成绩。然而,自治区从2001年开始试点到2004年全面铺开重点公益林区划界定工作以来,还没有真正建立起一套系统和规范的公益林生态补偿机制。通过给予公益林生态补偿,来保护和扩大生态公益林资源,已经成为国内外专家学者的共识。随着社会经济的快速发展,人类对生态环境安全与优质的需求亦愈发高涨。生态公益林作为新疆森林的主体资源,其在改善生态环境、调节气候、固碳释氧、保护生物多样性等方面发挥着无比重要的作用,如何在建立和完善生态林补偿机制的基础上,优化公益林区功能、扩大公益林面积就显得尤为重要。目前,由于生态公益林的外部性使得其经济效益低于生态效益,从而引出很多问题,那么如何在生态效益和经济效益中寻求平衡点,就显得非常重要。在保护和建设公益林的过程中,只有保障经营者的经济利益,才能够在发挥生态公益林效应的基础上使公益林面积不断扩大。目前,新疆的公益林生态效益补偿制度还刚起步,相关的制度设计还不完善。逐步建立并完善新疆公益林生态补偿机制是构建新疆林业生态体系的重要保证,是新疆林业由传统向现代林业转变的重要基础。通过生态公益林补偿理论来指导新疆完成生态林公益补偿机制是项长期的任务,文章对新疆生态公益林补偿机制存在的问题进行分析和评价,从而为新疆建立和完善生态林补偿机制提供一定的借鉴。