绒鼠(Eothenomys);是隶属于啮齿目(Rodentia)-仓鼠科(Cricetidae)田鼠亚科(Microtinae)的小型兽类,是横断山地区的固有类群和典型代表,栖居于高原山林地区。自绒鼠属建立以来,对其分类地位及系统发育的争论就从未停止,尤其是属下分类更为混乱。动物在环境中,经长期的环境适应和地理阻隔作用,经一定的时间积累,就会在生理、表型和遗传上产生适应性的差异。本论文主要分为4部分：(1)绒鼠的系统分类研究(2)丽江、大理、昆明三地绒鼠种种群重和产热特征的比较研究(3)基于CO1对云南4个地区间不同绒鼠种群的遗传分化的研究(4)基于D-loop区对云南4个地区不同绒鼠种群的遗传分化的研究主要结果：1、绒鼠的系统分类研究本研究通过从Gene Bank上下载不同物种个体的Cyt b序列,并结合自己所扩增的序列,基于Kimura双参数距离构建绒鼠属(Eothenomys)、(?)(Clethrionomys)、高山(?)属(Alticola)和绒(?)属(Caryomys)间的NJ系统发育树,结果表明：其主要分为了两大支,genus Eothenomys聚为了一支,Clethrionomys、Alticola和Caryomys聚为了另一大支。而且genus Eothenomys又分为subgenus Eothenomys和subgenus Anteliomys两支,支持将genus Eothenomys划为两个亚属。然而Eothenomys andersoni和Eothenomys smithii,在系统树中和(?)(Clethrionomys)聚在了一起,而且并未独立为单独的一支,支持将Eothenomys andersoni和othenomys smithii划归入genus Clethrionomys里,不支持将其划归入Eothenomys中,暂不支持将其独立为单独的属Phaulomys 。支持将Caryomys提升为独立的属。从系统发育树看出,本研究所用绒鼠样本与野生绒鼠(Eothenomys fidelis)亲缘关系较近。根据Gene Bank中所下载的序列(野生绒鼠CO1序列未能得到)和自己扩增所得到的CO1序列分别构建NJ和ME系统发育树发现,系统发育树分为两大支,结果和Cyt b相同,将绒鼠属分为subgenus Eothenomys和subgenus Anteliomys两个亚属。滇绒鼠(Eothenomys eleusis)、大绒鼠(Eothenomys miletus)、克钦绒鼠(Eothenomys cachinus)与黑腹绒鼠(Eothenomys melanogaster)聚合在了一起。CO1的系统关系中,则于大绒鼠(Eothenomvs miletes)的亲缘关系较近。(3) D-loop的NJ系统发育树看出,样本的所有单倍型和4只黑腹绒鼠没有任何混杂。基于以上系统学证据,本研究认为,所用样本为独立的种,不是黑腹绒鼠的亚种,但是其具体种名有待进一步研究证明。形态学数据构建系统发育树可将不同绒鼠在外形上得以分开——中华绒鼠和西南绒鼠聚为一大支,其余的6种绒鼠则聚为另外的一大支。此外,6种绒鼠又分为两小支。基于以上结论,本研究认为绒鼠的形态学测量系统分析可作为鉴别不同绒鼠的判别手段之一。但从分子系统学角度出发,绒鼠属(Eothenomys)内各种(包括本研究样本)间的关系依然混杂不清,但本研究所采用的绒鼠样本可作为独立的种,只是尚未能准确定其种名,有待进一步整合性研究。2、云南不同地区绒鼠种种群重、产热和肥满度的研究生活于不同生境下的动物,由于面对的环境压力不同,会表现出与之相适应的生理机制,以提高其对环境的适应,增加种群的适合度。为探讨绒鼠对环境的适应,分别测定了11月份从三地捕获的大绒鼠样本(丽江n=19,大理n=11,昆明n=17)的体重、BMR、NST和肥满度。结果表明：(1)体重：丽江种群显著低于大理种群和昆明种群,昆明种群低于大理种群；(2)基础代谢率和非颤抖性产热：丽江和大理种群显著高于昆明种群,丽江种群和大理种群间差异不显著；(3)肥满度(K=100W/Z3)：丽江种群显著高于大理种群和昆明种群,而大理种群和昆明种群间差异不显著。以上结果说明大绒鼠在不同环境条件下,通过该变自身的体重、代谢率以适应不同地区的气候条件。而丽江样本的体重显著低于大理和昆明,很可能与其环境温度和食物资源有关。横断山地区大绒鼠的基础代谢率和非颤抖性产热相对较高,表明高的基础代谢率和非颤抖性产热是对低温的一种适应策略,有助于抵御寒冷。丽江肥满度高于大理和昆明,很可能与其所处生态环境相关。总之,云南不同地区大绒鼠的生理特征变化可能在一定程度上反应了其对特定环境条件下的生存机制和适应对策。3、基于COI对云南4个地区间不同绒鼠种群的遗传分化的研究1323bp COI的有效片段中,A、T、G、C的比例分别为28.2%、27.4%、27.7%、16.8%,其中A+T的含量高于G+C的含量。共包含有120个变异位点,占总分析位点数的9.07%。其中,简约性信息位点(parsimony-informative site)96个,占总位点数的7.26%,单变异位点(singleton site)24个,占总位点数的1.81%。转换(transiton, Ts)26个(其中第1位点25个,第3位点2个),颠换(transversion, Tv)3个(全部位于第1位点),转换／颠换(Ts/Tv)为8.28。经DNAsp5.0检测,88条COI序列中,共发现了28个单倍型,种群件无共享单倍型。28个单倍型的平均遗传距离为：0.02124±0.00237。种群间的遗传变异参数中,哀牢山种群的遗传多样性最高,Pi为0.02419。各个种群间的核苷酸歧义度(Dxy)、分化水平(Fst)、净遗传距离(Da)、分化系数(Gst)中,横断山种群(丽江、大理、哀牢山种群)与昆明种群间的差异较大,而横断山种群内部差异较小。种群间的分化系数(Gst)和分化指数(Fst)全部差异显著,各个种群间的平均基因流为Nm均小于1,除大理种群和丽江种群间大于1,不同种群间无显著的基因交流,说明各种群间已经形成明显的分化。基于28个单倍型,分别构建不同绒鼠种群间的NJ、ME系统发育树显示,28个单倍型聚为三大支。不同绒鼠种群的核苷酸错配分析中,均属于不规则的多封曲线模式,此外,对于不同绒鼠种群的Tajima’s D、Fu and Li’s D和Fu’s Fs中性检测,均没有显著偏离中性检测,说明绒鼠种群没有经历种群扩张,种群大小保持稳定。(4)基于D-loop区对云南4个地区不同绒鼠种群的遗传分化的研究本研究共获得1010bp的D-loop区有效片段,其中A、T、G、C的比例分别为30.5%、29.2%、13.3%、27.0%,其中A+T的含量高于G+C的含量。共包含有158个变异位点,占总分析位点数的15.64%。其中,简约性信息位点(parsimony-informative site) 116个,占总位点数的11.49%,单变异位点(singleton site)42个,占总位点数的4.16%。转换(transiton, Ts)29个,颠换(transversion, Tv)8个,转换/颠换(Ts/Tv)为3.83。经DNAsp5.0检测,88条D-loop序列中,共发现了49个单倍型,种群件无共享单倍型,单倍型的平均遗传距离为：0.04256±0.00492。不同种群间,核苷酸多样性(Pi)在0.006(丽江种群)至0.034(哀牢山种群)之间,总体核苷酸多样性为0.0364。AMOVA分析表明,种群间的分化系数(Gst)和分化指数(Fst)全部差异显著,各个种群间的基因流Nm,除昆明种群和大理种群间大于1外,其余种群间均小于1,不同种群间无显著的基因交流,说明各种群间已经形成明显的遗传分化。由NJ和UPGMA系统发育树可看出,来自不同地区的绒鼠种群单倍型大多按照来源地分别相对聚在一起,表现出与地理位置一定的对应关系。但从大的方面来看,4个绒鼠种群间更明显地分为4大支系,Clade Ⅰ基本由大理种群和丽江种群组成,Clade Ⅱ包含了大理种群、哀牢山种群和昆明种群,昆明种群数量较多,Clade Ⅲ基本由昆明种群组成,而Clade Ⅳ则是哀牢山种群。此外,本研究所用样本49个单倍型与绒鼠属模式种黑腹绒鼠(Eothenomys melanogaster)间没有任何混杂,从分子系统学角度,支持样本为独立的种。不同绒鼠种群的核苷酸错配分析中,均属于不规则的多封曲线模式,此外,对于不同绒鼠种群的Tajima’s D、Fu and Li’s D不Fu’s Fs中性检测,均没有显著偏离中性检测,说明绒鼠种群没有经历种群扩张,种群大小保持稳定。综上,绒鼠种群总体遗传多样性相对较高,不同种群间已出现了明显的遗传分化。而横断山种群与昆明种群间的遗传分歧度较大,横断山种群之间差异较小。整个绒鼠受自然选择压力就较大,且并未出现过大规模的种群扩张过程。结论：经系统发育分析,绒鼠属可划分为两个亚属——subgenus Eothenomys和subgenus Anteliomys。但基于分析系统学的分析属下的分类还不能够得到很好的解决,但是形态学系统发育能将不同绒鼠分开。本研究中所用的绒鼠样本与大绒鼠和克钦绒鼠亲缘关系交近,但绒鼠属的属下间的种系关系依然不清晰。不同地区绒鼠种群经长期的环境适应和地理阻隔作用,经一定的时间积累,在生理和遗传上的已经产生了差异,最终在种群被固定。绒鼠不同种群间,核苷酸歧义度Gst、遗传分化指数Fst和基因流Nm差异显著,不同地理种群间分化明显,据此推测,绒鼠种群可能正在经历生态物种形成的阶段。本研究结合化石证据,运用线粒体COI和D-loop区作为遗传标记,阐明了绒鼠种群在历史过程中,未经历过扩张,从分子角度证实了绒鼠为横断山的固有类群,可作为研究横断山地区小型哺乳动物的典型代表。