本研究是在我国实施森林生态效益补偿制度作为国民经济和社会发展的根本和切入点的背景下，借鉴前人的研究成果，对我国森林生态效益补偿资金的来源、使用、效果及监督等资金管理有关问题进行较为系统的研究，目的是欲从体制改革入手探讨森林生态效益补偿资金管理的理论、方法及其应用。采用规范研究和实证研究相结合的办法，提出森林生态效益补偿理论和相应的资金管理办法及政策建议，并得出如下基本结论： 第一、首次提出了构建我国森林生态效益补偿资金管理体制的初步设想。研究认为目前应由国家林业局担任资金拨付主体，凭借细化的林业部门预算这一载体，引入民营机制，资金实行先借款使用，将资金通过国库单一账户体系直接拨入经营使用者借款户，并通过报账制等办法来有效监督借入资金的合理使用。 第二、本研究全面系统地从财税、金融两个领域探讨筹措森林生态效益补偿资金的各种措施，提出了BOT融资方式，并建议采用绿色彩票筹资等多种方式，初步解决生态效益补偿资金单一和短缺的问题。 第三、结合国库单一账户制度和部门预算等财政管理制度的改革，提出了改革森林生态效益补偿资金拨付渠道的建议和报账制的财务管理办法。 第四、创新建立森林生态效益会计财务制度和会计核算办法。借鉴天然林保护工程资金的财务制度和会计核算办法，建立森林生态效益补偿资金财务制度和会计核算办法，中央财政预算中设立“森林生态效益补偿资金”专户，对补偿资金实行财政审批，列收列支，同时可以考虑将现有育林资金逐步纳入森林生态效益补偿资金管理。 第五、针对我国森林生态效益补偿资金管理的实际，采取资金检查的主要对策。包括：(1)改革现行的会计管理体制，在资金最终落实之前，推行会计委派制来加强单位内部会计监督职能，实现委托者对受托者的制衡。(2)财政实行预、决算管理和跨省交叉预算复审制度；各级审计部门的监督和国家林业局对资金的稽查，实现事前、中、后全过程监管。(3)建立总稽查特派员制度。 第六、对森林生态效益补偿资金使用效果的评价，目前由于缺乏不同地域范围的标准，而只是按全国统一的标准来评价，存在不公平和难操作的具体问题。提出了不同成活率等级下，苗木费用的补助办法。至于生态效益和社会效益的评价，在这些效益货币化或资本化之前，是难以做出客观评价的，只能得出宏观和定性的结论。 第七、提出了一些有关我国森林生态效益补偿资金管理的新设想与方法，存在与现行法规政策不衔接、不匹配的问题，因而迫切需要对现有制度的调整，以建立完备的政策法规体系，以法管理资金活动。