宏基因组测序研究介体烟粉虱中的双生病毒多样性

来源 :贵州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xiaoming198877
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
粉虱传双生病毒(whitefly transmitted geminiviruses, WTGs)属于双生病毒科菜豆金色花叶病毒属,由烟粉虱传播,危害多种重要经济作物。了解WTGs种类及生物学特性对病毒的防治具有积极的意义。本研究从传毒介体烟粉虱入手,结合宏基因组测序和分子生物学手段研究粉虱传双生病毒的种类和变异进化,以期了解我国粉虱传双生病毒的种群多样性,为粉虱传双生病毒的防治奠定基础。2011-2015年,我们从云南、广西、广东、海南、浙江和山东的多个地区共采集23批烟粉虱样品。从烟粉虱中提取病毒DNA并分为9个建库样品,利用Illumina Miseq测序平台进行病毒宏基因组测序。经contigs拼接和比对,9个建库样品都检测到多种粉虱传双生病毒。我们对检测结果进行PCR验证,共检测到18种病毒,8种betasatellites,2种alphasatellites,10种来源于病毒DNAA的缺陷型小分子和1种来源于betasatellite的缺陷型小分子。18种病毒中,一个为双生病毒新种,暂名为粉虱传双生病毒A(Whitefly Transmitted Geminiviruse A, WTGA),并在中国首次发现越南丁香黄脉病毒(Ludwigia yellow vein Vietnam virus, LuYVVNV)。云南省检测到11种病毒,分别为云南赛葵黄脉病毒(Malvastrum yellow vein Yunnan virus, MYVYnV)、中国番木瓜曲叶病毒(Papaya leaf curl China virus, PaLCuCNV)、甘薯曲叶病毒(Sweet potato leaf curl virus, SPLCV)、LuYVVNV、丁香黄脉病毒(Ludwigia yellow vein virus, LuYVV)、云南烟草曲叶病毒(Tobacco leaf curl Yunnan virus, TbLCYnV)、中国番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl China virus, TYLCCNV)、中国胜红蓟黄脉病毒(Ageratum yellow vein China virus, AYVCNV)、番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curlvirus, TYLCV)、中国辣椒黄化曲叶病毒(Pepper yellow leaf curl China virus, PepYLCCNV)及病毒新种WTGA;广西检测到9种病毒,分别为PaLCuCNV、 AYVCNV、WTGA、MYVYnV、SPLCV、中国南瓜曲叶病毒(Squash leaf curl China virus, SLCCNV)、中国番茄曲叶病毒(Tomato leaf curl China virus, ToLCCNV)、广西番茄曲叶病毒(Tomato leaf curl Guangxi virus, ToLCGxV)和雾水葛金色花叶病毒(Pouzolzia golden mosaic virus, PGMV);海南省检测到4种病毒,依次为SPLCV、SLCCNV、LuYVVNV和黄花稔曲叶病毒(Sida leaf curl virus, SiLCV);浙江省检测4种双生病毒,分别为TYLCV、SPLCV、乔治亚甘薯曲叶病毒(Sweet potato leaf curl Georgia virus, SPLCGV)和河南甘薯曲叶病毒(Sweet potato leaf curl Henan4 virus, SPLCHn4V);山东省检测到TYLCV。广东省的样品未检测到病毒。对其中13种病毒进行变异进化分析,结果发现,与植物中分离的同种双生病毒相比,来源于烟粉虱样品中的病毒分离物的同源性相对较高;其病毒序列的变异程度相对较低,并且两者的变异位点存在明显差异;系统关系树分析发现,分离自烟粉虱和植物的病毒都依据地域不同而形成不同的分支。从云南和广西的烟粉虱样品中分离到一个双生病毒新种,全长为2744 bp,与印度分离的巴豆黄脉花叶病毒(Croton yellow vein mosaic virus, CYVMV)同源性最高(87%),根据双生病毒分类命名原则,将其暂名为WTGA。WTGA是一个不含有卫星的单组份双生病毒,推测其可能是由CYVMV、云南南瓜曲叶病毒(Squash leaf curl Yunnan virus, SLCYnV)、假马鞭曲叶病毒(Synedrella leaf curl virus, SyLCV)、烟草曲茎病毒(Tobacco curly shoot virus, TbCSV)和泰国烟草曲叶病毒(Tobacco leaf curl Thailand virus, TbLCTHV)重组形成的。构建了WTGA的侵染性克隆,致病性测定发现,WTGA单独接种及与卫星TYLCCNB或AYVCNB共同接种本氏烟都能产生叶片上卷、皱缩、脉突、褪绿以及植株矮化等病毒症状,但与卫星共同接种,本氏烟提早3-4天显症,且症状较重。Southern印迹显示,WTGA单独或与卫星共同接种的植株中都能明显检测到WTGA的积累。从云南和海南的样品中分离到LuYVVNV,全长2762 bp,与越南分离物的同源性达到94.2%,这是LuYVVNV在我国的首次报道。LuYVVNV是一个不含有卫星的单组份病毒,具有典型的菜豆金色花叶病毒属病毒的基因组结构。构建了LuYVVNV的侵染性克隆,致病性测定发现,LuYVVNV单独接种及与卫星TYLCCNB或AYVCNB共同接种本氏烟,都能产生叶片下卷,皱缩、黄化以及植株矮化等症状,但与卫星共同接种时,本氏烟的病毒症状更为严重。Southern印迹显示,LuYVVNV单独或与卫星共同接种的植株中都能明显检测到LuYVVNV的积累。
其他文献
水是商品、是稀缺资源和重要的战略资源.目前中国的水资源形势是资源性的短缺与使用上的浪费并存,最重要的任务就是节约用水,而合理的水价是实现节约用水的关键.该论文紧密结
围堰是导流工程中用来围护基坑,保证水工建筑物能在干地施工的临时挡水建筑物,其布局和施工程序对工程施工格局起决定作用,并对工程总进度和工程质量有重要影响。围堰的安全至关
摘要:英语语言已成为世界通用的重要语言,英语语言表达能力已成为新时代每个人都必须具有的技能。高中阶段的英语教学正是學生学习的最佳时期,因而想要获得良好的教学效果,就必须让学生自发产生学习的意识,这样学生学习的过程才会充满快乐与自信,才能实现优化高中英语课堂教学,实现学生素质能力全面发展的目的。在本文中,笔者以高中英语教学中学生自主意识的培养为研究中心,以期促进教与学的发展。  关键词:高中英语;自