目的:摸索适合于太子参ISSR的基因组DNA提取方法，筛选太子参ISSR引物，建立ISSR-PCR反应体系，检测太子参的ISSR分子标记，分析不同产地太子参的遗传关系，为太子参的遗传育种、品种改良奠定理论基础。　　方法:采用改良的CTAB法和非常规的尿素法两种方法对比提取太子参基因组DNA，运用单因素影响试验建立ISSR-PCR反应体系，通过NTSYS-pc version-2.11f计算机软件构建聚类树状图，对12个产地的太子参遗传关系进行分析。　　结果:1.获得了适宜ISSR-PCR扩增的太子参基因组DNA提取的最佳方案。提取出的太子参基因组DNA其OD260/OD280在1.78～1.9范围内。找出一种全新的快速提取植物基因组DNA的方法——尿素法。　　2.优化出了适于太子参的ISSR-PCR的最佳反应体系，即在20μl反应体系中，Mg2+浓度为37.5mmol/L，dNTPs浓度为0.25mmol/L，DNA模板浓度为30 ng，引物浓度为0.4μmol/L，Taq DNA聚合酶的用量为2.5 U，10× Buffer为2.5μl。反应程序:94℃预变性5 min，94℃变性1 min，37.9～70.1℃退火1min，72℃延伸2 min;35个循环;72℃继续延伸5min，4℃保温。获得了清晰、稳定的指纹图谱。　　3.从18条ISSR引物中筛选出5条引物用于指纹图谱的构建。在ISSR-PCR试验中，共得到48条带，其中42条表现出多态性，占总带数的87.5％，太子参的多态位点百分率(PPB)在75％和100％之间。每条引物产生的位点数在8～12个之间。平均每个引物扩增的DNA带数为9.6条，大小介于200～1200bp之间。太子参各居群样品的相似系数在0.231～0.923之间。　　4.根据UPGMA方法构建聚类树状图:12个产地的太子参分别聚为两大类:采自安徽省境内的宣州、亳州太子参和其他10个产地的太子参分别聚为两个大类。在10个产地的第二大类中，最先是来自同一个省份贵州的花溪、丹寨、施秉、黄平太子参聚到了一起，然后与来自江苏省的句容、江宁太子参相聚，再与附近的丹阳、潥阳太子参会合，最后与福建省柘荣太子参相聚，来自山东省临沭县的太子参居群在这第二大类聚类关系图的最外层。太子参12个居群的遗传距离在0.044～0.973之间，其中花溪和丹寨、花溪和黄平、花溪和江宁、施秉和丹寨的遗传距离最近为0.044，说明它们之间亲缘关系很近。句容和宣州遗传距离最远为0.973，说明它们之间的遗传变异程度大。　　结论:太子参在遗传进化过程中，随着时空的变化、地理位置的变迁、气候的改变，基因组DNA发生了变异。ISSR分子标记可以有效地对太子参的遗传多样性进行分析。为太子参的的遗传育种、品种改良奠定理论基础。