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骨鳔下区鱼类包括骨鳔总目和鲱形总目鱼类,代表了整个鱼类四分之一的物种多样性,拥有大约1,000个属和7,000多种。近年来一系列的报道支持这一分支中主要类群的起源时间可能远远比这些类群最古老的化石所提示的时间要久远。其中一些报道明确支持骨鳔下区鱼类中的部分类群,如鲇形目和鲤形目,起源于泛大陆时期。对是否整个骨鳔下区鱼类,尤其是主要的淡水类群——世界性分布的耳鳔系鱼类是否起源早于泛大陆板块分离时期的了解,具有十分重要的意义,因为耳鳔系鱼类是用来确定古大陆板块之间历史关联的最有用的动物类群之一。而作为骨鳔下区鱼类的一部分,占有整个脊椎动物1/20物种多样性的鲇形目来说,其科间系统发育关系长期受到鱼类学家的关注并依然悬而未决。因此本论文主要分为两部分,第一部分研究我们采用线粒体基因组中的细胞色素b基因(cyt b)和核基因组中的重组活化基因2(RAG2)作为分子标记,对欧亚大陆鲇形目鱼类的系统发育关系进行了探讨。第二部分研究我们测定了长臀鮠(Cranoglanis bouderius)线粒体基因组序列,并运用松散分子钟(relaxed molecular clock)方法,估算了骨鳔下区(Otocephala)鱼类分化时间,并结合其化石记录和分布特征,探讨了骨鳔下区鱼类的起源与演化过程。本论文的主要研究结论如下: 1. 测定了46 种鲇形目鱼类的线粒体cyt b 基因全序列(1,138 bp)和35 种鲇类RAG2 基因序列(906 bp),结合从GenBank 下载的相关类群以及外类群相