当下,社会各界对长江流域保护这一话题的探讨正如火如荼,并在国家的主导下进行关于长江保护的立法工作,这一立法的出台将会填补我国在流域立法的空白。但是长江流域涉地域大、范围广,面临的环境问题复杂多变,要做好长江流域的水污染防治工作,其中一个重要的问题就是要处理好长江流域水污染防治地方之间协调治理问题。而我国既有的关于水污染防治模式中,除了少数的上位法从全局上对水污染防治进行统筹规定之外,其他都是一些零散的部门法规以及一些政策性的规定,那就更难谈及在实践中的运用问题了。在长江保护法的背景之下,长江流域水污染防治对地方协调机制有了特殊的需求,我们要正视长江流域水环境治理问题,尤其是重视在长江大流域视角下长江流域水污染防治对地方协调机制的需求。因此需要对长江流域目前的水环境状况进行研究分析,进而反馈出长江流域水污染防治地方协调机制的需求,并尝试提供相应的解决之策。对长江流域水污染防治地方协调机制的研究,首先要对长江流域水污染防治的理论基础与立法状况进行概括性的了解,包括协调机制的理论渊源与理论内涵,这为研究长江流域水污染防治地方协调机制提供理论指引;另一方面对长江流域水质的防控、水量调控、排污总理控制等地方立法主要规定,以及整个流域内重点流域从国家的上位法规定到地方的特殊性规定,进行整体的把握与认识。其次,对长江流域水污染防治地方协调的必要性进行分析,包括一般必要性与特殊必要性两个方面。一般必要性主要是指水污染防治的共性问题,特殊必要性主要是指长江流域水污染防治的特殊境遇。第三,在长江大保护的背景下,以部门法为导向的协调治理理论、流域内的地方协调呈现分散化以及法律纠纷的解决主要依靠政府的协商为主这样的现状下,长江流域水污染防治地方协调机制存在困境。这些困境主要包括传统的部门法思维局限了横向协调机制的生成、全流域性的地方协调机制的缺位、专门化协调机构的缺失、信息共享机制的不健全以及当下的分段司法模式与长江流域水生态多元特征不相适应等,这些困境使长江流域水污染防治工作推进困难。最后,对长江流域水污染防治地方协调机制面临的困境尝试提供解决之策,以达到顺利以及有效的推进长江流域水污染的防治工作的开展,主要包括以下几个方面的措施构建:用领域法的思维推动协调治理、建立大流域协调机制、建立专门的协调机构、构建与完善流域专业化的信息平台、行政手段运用的协调、设立长江巡回法庭等。