现代企业中，最终控制人现金流权与控制权分离的现象广泛存在，他们利用手中的控制权来攫取私有收益从而导致公司绩效下降的现象也屡见不鲜。自从2005年上市公司实行股权分置改革以来，我国又陆续颁布了一些约束最终控制人的法律法规，由此可见，上市公司最终控制人及其现金流权、控制权是公司治理和我国证监会关注的重点。所以，本文选取采用金字塔控股结构并进行股权分置改革后的上市公司为样本，从最终控制人性质和自由现金流的角度出发，对最终控制人现金流权、控制权及两权分离度与公司绩效的关系进行了实证分析。首先，基于委托代理理论、控制权私利假说、自由现金流理论、投资者保护学说等理论，对最终控制人现金流权、控制权以及两权分离度与公司绩效的关系进行了理论分析；其次，实证部分以深、沪两市A股主板1002家上市公司2008-2010年的面板数据为样本，根据之前阐述的理论提出研究假设，并构建多元回归模型；接着，运用Excel、Stata11.0等统计软件对各变量进行描述性统计分析；最后，运用固定效应模型对平衡面板数据进行了实证检验。实证结果表明：（1）最终控制人的现金流权与公司绩效成显著正相关关系，说明最终控制人拥有的现金流权越多，他就越有动力让公司正常运转，从而增加公司的绩效，即“激励效应”；（2）最终控制人的控制权与公司绩效负相关，控制权越集中，就越有利于最终控制人攫取私利，从而降低公司的绩效，即“隧道挖掘”；（3）最终控制人现金流权与控制权的分离度与公司绩效显著负相关，即两权分离度越大，公司绩效越差；（4）将全体样本分别按照自由现金流的高低和最终控制人的性质分成两组，分别研究最终控制人的现金流权、控制权对公司绩效的影响，研究发现：无论是在高自由现金流还是低自由现金流的情况下，最终控制人的现金流权与公司绩效都成正相关，最终控制人的控制权、两权分离度与公司绩效成负相关，其中，在高自由现金流下，两权分离度对公司绩效的负向影响显著高于低自由现金流组；（5）无论是国有还是非国有控股的上市公司，控制权与公司绩效成负相关的关系，但是非国有控股上市公司比国有控股的上市公司更显著。最后，根据实证研究的结论，提出了加强内部监督机制建设、健全外部监督和市场化约束机制、加强对上市公司信息披露监管的力度、限制最终控制人的控制层数等提高公司绩效、保护中小股东和投资者利益的建议。