基于转录组数据分析小鼠心肌细胞直接重编程的分子机制

来源 :北京交通大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:annazky
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
成年哺乳动物的心肌细胞再生能力非常有限,目前的医疗手段尚不能完全修复损伤的心肌组织。2010年Ieda等首次利用三种转录因子(Gata4,Mef2c和Tbx5)成功地将心肌成纤维细胞直接重编程为心肌样细胞,这种细胞具有与心肌细胞极为相似的表型,而且与体外的细胞直接重编程相比,在小鼠体内的转化实验还具有更高的转化效率。本研究旨在从分子水平揭示小鼠成纤维细胞直接重编程为心肌细胞的转化机制,为诱导心肌细胞的再生提供新思路。  方法:在公共基因芯片数据库(GEO)中下载小鼠(Mus musculus)心肌细胞直接重编程相关的基因芯片数据共4组,筛选得到成纤维细胞样本数24例作为对照组,诱导性心肌细胞样本数43例作为实验组。利用统计软件R3.1.1采用Rankprod算法(P<0.05,IgFC|>1)获得心肌细胞直接重编程过程中的差异表达基因,利用DAVID、ToppGene、 STRING等在线工具对差异表达基因进行生物信息学分析。  结果:通过对4组数据进行统计分析,最终筛选出210个心肌细胞直接重编程过程的差异表达基因,包括115个表达上调基因,95个表达下调基因。进一步的生物信息学分析主要是解读差异基因在心肌细胞直接重编程过程中的生物学意义,综合分析后发现Fabp4等基因以及横纹肌收缩信号通路等在直接重编程过程中可能起着重要作用。  综上所述,本研究通过对基因芯片表达谱数据进行统计分析,发现Fabp4等基因与横纹肌收缩等信号通路在心肌细胞直接重编程过程可能起着关键的作用。这些发现可以为更进一步了解成纤维细胞直接重编程为心肌细胞的分子机制提供有价值的线索。
其他文献
随着全球经济的不断发展,生态环境问题日渐突出。其中,沙漠化是当今备受国际社会关注的最严重的生态环境问题之一。由于沙漠本身的独特性,使得沙漠变化监测存在较大局限性。