生物种质资源是以物种为单元的遗传多样性资源，是人类社会可持续发展的重要物质基础，是国家重大战略性基础资源，关系到国家安全与主权，是生物经济时代基因工程与产业化生产的不可替代的宝贵原材料，是科技创新的基本物质，是世界争夺的焦点之一。畜禽种质资源危机将危及我国畜禽种质资源主权，丧失我国畜禽种质资源在世界上的自主地位，破坏我国畜牧业可持续发展的基础。因此，畜禽种质资源保护是持续保障我国人民对食物安全和生物经济主权的重要举措，同时对畜牧生产、加入WTO后的国际化竞争、生物多样性保护、科学研究、人类历史文化、社会可持续性发展、环境保护以及社会稳定等方面具有非常重要的战略意义。通过对上海市地方畜禽品种保护现状的细致调查，发现上海市在改革开放以后上海地方畜禽品种保护的研究非常欠缺，不仅需要有深入调查研究的必要，而且还需要作深刻的思考，提出解决的办法与对策。为此，通过对上海市在改革开放以后畜禽地方品种资源保护的现状进行了深入调查，结果表明：在原有的上海地方畜禽品种中，已有一个黄牛品种灭绝，另外七个地方品种的数量都有较大幅度的下降，其中：1、浦东鸡已处于潜在威胁状态；2、梅山猪、枫泾猪、沙乌头猪、浦东白猪四个猪品种都处在严重威胁状态；3、上海水牛不仅已经受到严重威胁，事实上已经到了灭绝的边缘；4、崇明白山羊虽然在保种场中的威胁状况评价同样处于严重威胁状态，但由于还有大量的农户圈养繁殖，故还有弥补的余地。另外，从最近统计的生产性能情况来看，上海畜禽地方品种的生产性能都表现出不同程度的下降趋势。为了查明地方品种真实的保种现状，在对上海所有畜禽地方品种保种状况进行基本调查的基础上，选择保种工作较为规范的梅山猪保种场的梅山猪近二十多年来保种的数据资料，根据群体遗传学、保护生物学的原理，用畜禽遗传资源受威胁的程度、群体的有效大小、群体近交系数增量、繁殖力、生长发育等指标的统计分析，得出如下结论：1、梅山猪的实际群体有效大小由于受市场需求的影响，明显偏小：Ne＜160；2、梅山猪的群体近交系数增量明显过大：△F＞0.006；说明梅山猪的品种遗传资源保护受到了威胁；3、梅山猪生长发育虽然没有出现下降趋势，但初产和经产母猪的繁殖力呈现出明显的逐年大幅度下降的趋势，其中：初产母猪的产仔数已经从保种开始时的每胎14头，下降到现在的9头左右；经产母猪的产仔数已经从保种开始时的每胎16头，下降到现在的13头左右，上海市畜禽地方品种资源保护正面临着严峻的形势。在对目前上海市畜禽地方品种资源保护所面临的严峻形势和主要形成原因进行了客观分析的基础上，本文提出了上海市畜禽地方品种资源保护的如下五项主要对策并在对策中比较详细地论述了具体的实施措施及建议：1、建立上海市畜禽种质资源调查监测制度；2、运用合理正确的畜禽种质资源保种方法；3、切实利用上海农业生物基因库，以利长期保存；4、规范饲养管理技术体系和疫病防治体系，保障保种工作的顺利进行；5、充分利用地方畜禽品种的优势与特点，保种与利用并举。