随着21世纪以来科技创新的飞速发展,知识产权保护已经成为各国科技创新能力提升的重要推动力。知识产权保护制度的完善虽然在一定程度上促进了我国科技创新能力提升,但没有带来质的飞跃。知识产权保护还未真正符合我国科技创新发展需要,它们之间可能存在阶段性的错向匹配问题。基于创新价值链视角研究知识产权保护与科技创新能力提升则为解决该问题提供了新思路,具有重要意义。本文基于创新价值链视角,紧紧围绕知识产权保护与科技创新能力提升展开现实描述、理论研究与实证研究。在通过横、纵相比较的方法,本文从多个层面展示了知识产权保护与我国科技创新发展状况,用事实挖掘我国科技创新存在的成效不高,基础研究薄弱,知识产权保护没有最大限度促进科技创新能力提升的问题。在此基础上本文进一步做深入的理论研究,首先,基于创新价值链视角将科技创新划分为知识创新阶段、技术研发阶段和成果转化阶段,并构建了科技创新三阶段的理论模型进行理论命题的推导。其次,详细阐述了知识产权保护对科技创新的直接效应与间接效应,并开拓性地分析了知识产权保护对科技创新三阶段的作用机制差异。在实证研究部分,本文以2005-2016年中国30个省(市、自治区)数据进行实证研究。首先,运用固定效应模型和系统GMM模型的方法,检验了知识产权保护对科技创新三个阶段的影响差异。其次,本文进一步运用门槛模型的方法,分别从自主研发渠道、FDI流入渠道和进口贸易渠道进行了知识产权保护对科技创新作用机制的实证检验,并根据相应门槛值寻找适合于我国科技创新不同阶段的知识产权保护水平。在上述研究的基础上,本文可以得到如下研究结论:第一,知识产权保护对科技创新三个阶段的影响存在差异。提高知识产权保护水平有利于知识创新阶段和技术研发阶段的科技创新能力提升,但不利于成果转化阶段的科技创新能力提升。第二,知识产权保护通过自主研发对科技创新能力产生间接效应,在知识创新阶段和技术研发阶段产生间接促进作用,在成果转化阶段产生间接抑制作用。第三,知识产权保护通过FDI流入和进口贸易对科技创新能力产生间接效应,在技术研发阶段产生间接促进作用,在成果转化阶段产生间接抑制作用。第四,知识产权保护在知识创新阶段和技术研发阶段最好分别到达1.1314和1.1523,在成果转化阶段最好不要达到1.2396,从而发挥知识产权保护在促进科技创新能力提升上的最大效用。最后,在上述研究结论的基础上对我国知识产权保护与科技创新能力提升分别从政府、市场和科技创新主体三个层面提出相应的可行性建议并对本文研究内容做出进一步的研究展望。