【摘 要】
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叶片的生长和衰老受到多层次严格的遗传调控。环化RNA近年来被报道作为microRNA的海绵从而发挥相应的调控功能。本研究旨在探索circRNAs在拟南芥叶片生长和衰老过程中的表达
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叶片的生长和衰老受到多层次严格的遗传调控。环化RNA近年来被报道作为microRNA的海绵从而发挥相应的调控功能。本研究旨在探索circRNAs在拟南芥叶片生长和衰老过程中的表达谱和功能作用。我们使用公开可用的拟南芥叶片的RNA-seq数据以鉴定circRNAs及其表达谱,并使用实时定量荧光PCR以验证我们鉴定的circRNAs。对circRNAs的功能探索使用不同的生物信息学方法,包括网络分析,基因本体和KEGG通路富集分析。我们在拟南芥叶片中鉴定到了168个circRNAs,包括40个新的circRNAs,其中158个(94.1%)由基因外显子产生。我们使用实时定量荧光PCR来验证4个高度表达的circRNAs,发现它们都与RNA-seq结果成一致的表达模式。6个和35个circRNAs是在叶片生长到成熟阶段和成熟到衰老阶段差异表达。有趣的是,circRNAs在拟南芥叶片寿命期内表现出上调趋势。而且,circRNAs在衰老过程中的表达与宿主基因表达在一定程度上无关。通过对circRNA-mi RNA-mRNA网络中的靶基因的基因本体和KEGG通路分析表明circRNAs可能在叶片衰老过程中参与植物激素信号传导,卟啉和叶绿素代谢等。我们综合分析了circRNAs的表达谱以及它们在叶片生长和衰老期间的潜在功能,暗示了circRNAs可能在拟南芥叶片衰老过程中作为新的转录后调节因子发挥作用。
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