作为人类最宝贵的耕地资源，其数量和质量随着经济的快速发展、工业化和城市化步伐加快而呈现出减少和下降的趋势，这是经济发展必须付的代价。但是，由于我国耕地保护责任和义务在区域间界定不清，使得耕地保护被置于公共领域。许多区域出现了以经济发展为名的圈地行为，国家为此实行了世界上最为严格的耕地保护制度，但成效与制度安排的初衷存在较大差距。这对我国的粮食安全、社会稳定和经济的可持续发展构成一定威胁。如何更好地耕地保护成为当前政府和学者研究的重要课题。目前有关耕地保护的研究可谓不少，而这些研究绝大部分都集中在如何更好地落实现行的耕地保护制度，对耕地保护制度没有取得预期效果的深层次原因以及耕地保护制度创新的研究不够。本文旨在对耕地保护相关理论与方法分析的基础上，从耕地保护区域公平的角度出发，分析了区域保护耕地，确保国家粮食安全和社会稳定的职责所在，并构建了耕地保护区域补偿机制。全文共8章，可分为四个部分：第一部分是耕地保护的相关理论研究；第二部分是对耕地保护区域补偿机制的构建研究；第三部分是对耕地保护区域补偿机制的应用；第四部分是在上述研究的基础上的结论和建议。第一部分包括3章，是对国内外耕地保护研究综述和相关理论梳理的基础上，分析了经济发展与耕地保护的关系以及我国耕地保护制度的变迁和运行效果，并进一步探讨了我国耕地保护制度没有取得预期效果的深层次原因。第一章为绪论，主要论述了本研究的立论依据和基本思路；第二章是对国内外相关研究的回顾和理论基础的阐述；第三章理论研究，主要对经济增长与制度的关系的分析，并在此基础上分析了我国在经济增长进程中耕地保护制度的历史变迁和取得的效果，最后是一个原因探讨。第二部分包括3章，是对我国耕地保护制度的完善和创新。第四章首先以耕地保护区域责任和义务的清晰界定为出发点，从区域耕地赤字／盈余测算、补偿标准确定和管理与监督方式三方面构建了耕地保护区域补偿机制框架。第五章主要对区域耕地赤字／盈余进行了测算；第六章主要对耕地保护区域补偿机制中的两个关键问题——补偿的价值标准和面积标准——进行探讨。第三部分是耕地保护补偿机制的应用。在第7章中，本文以福建省和黑龙江省为例，从耕地保护补偿面积、补偿的价值标准、补偿的面积折算系数以及补偿基金的管理与耕地保护监督和惩罚这几方面应用了耕地保护区域补偿机制。通过上述研究，主要得出以下几点结论：(1)保护耕地，确保国家粮食安全和社会稳定，是我国每一区域保护耕地的职责和义务。由于我国耕地保护的责任和义务在区域间界定不清，使得我国实行了世界上最为严格的耕地保护之并没有取得预期的效果。应该在国家统一粮食自给率和人均粮食消费水平条件，根据各区域耕地的综合生产能力来分担国家保护耕地的责任和义务。对于不能履行耕地保护责任和义务的区域，需要给予那些过多承担耕地保护任务的区域一定的经济补偿。(2)自改革开放以来，我国耕地保护制度在经历了由国家土地管理局成立前后和国土资源部成立后的一系列制度变迁后，逐步形成了一套较为完善制度体系，对保护我国耕地资源发挥了重要作用。但是，耕地保护责任和义务在区域间的不明晰，使得耕地资源配置中存在市场失灵和政府失灵，其效果与制度安排的预期还存在较大差距，需要进一步完善我国的耕地保护制度。(3)由于中国地域辽阔，各区域由于土地质量、自然气候和土地利用方式的差别较大，因而各地的耕地综合生产力也存在较大的差异。在全国统一400kg、450kg、500kg粮食消费标准条件和95％、90％自给率水平下，内蒙古、吉林、黑龙江、河南、海南、云南和西藏在2002年、2010年、2020年和2030年都有耕地盈余，而北京、天津、上海、浙江、福建、广东和青海无论在上述哪种情况下都存在耕地赤字，其余省、自治区和直辖市在不同生活标准和自给率水平下情况不同，说明我国耕地保护和确保粮食安全的任务相当艰巨。(4)耕地赤字区要给予耕地盈余区一定的经济补偿，我们还需要确定补偿的标准。补偿标准分为两类：一类是价值标准，即单位面积耕地的价值；一类是面积标准，即不同区域耕地的折算系数。——价值标准按照资源经济学的观点：资源资产价值由三部分构成，它们分别是资源的商品价值、环境价值和折补价值。由于对于我国人口众多，耕地资源在我国尤其具有特别重要的地位，因此是我国耕地资源具有不同于其他自然资源的特殊价值。这就是说我国耕地除了具有其商品价值、生态环境价值和折补价值外，还具有重要的社会价值。其中社会价值又可以进一步细分为耕地社会保障价值、耕地国家粮食战略安全价值和耕地的发展权价值。在进行耕地保护区域补偿时，不能按照耕地的价值进行完全补偿，因为，耕地的某些功能价值在日常生活中已经给予补偿。如耕地的商品经济价值中现有市场条件下商品价值在农作物交易过程已经获得了补偿，只需对没有取得社会平均利润的那部分价值给予补偿。通过对耕地补偿价值的重新界定，本研究认为，耕地保护区域补偿价值标准全国平均水平为107.03万元／hm~2。其中耕地的商品经济补偿价值0.96万元／hm~2，耕地生态环境补偿价值0.57万元／hm~2，耕地的社会补偿价值为105.5万元／hm~2(耕地的农民就业保障补偿价值9.33万元／hm~2，耕地的粮食安全补偿价值45.93万元／hm~2，耕地发展权补偿价值50.24万元／hm~2)。如果按照“年租制”的形式补偿，那么，每年单位耕地的补偿价值应该为4.47万元。——面积标准在我国《农用地分等定级规程》和各区域农用地分等定级工作的基础上，通过建立全国标准耕地、转换表达方式，将分等指数转换为耕地标准生产力指数。应用分等成果中自然质量评价结果，结合全国和各区域耕地评价，以区域单位耕地平均标准粮产量与全国最大单产的比作为区域耕地利用标准系数，测算区域耕地标准质量等指数。在此基础上，计算区域耕地与全国标准耕地间的折算系数。以福建省和黑龙江省为例，本研究计算了两省间耕地的平均折算系数。依据两省的农用地分等定级研究工作，黑龙江省耕地自然质量等指数均值为1595.3，福建省耕地自然质量等指数均值为2124；经计算黑龙江省标准化耕地质量等指数为402.57，福建省标准耕地化质量等指数为620.02；最后得到福建省与黑龙江省耕地折算系数M=1.54，即从总体上而言，福建省1hm~2耕地生产力相当于黑龙江省1.54hm~2耕地生产力。(5)以福建省和黑龙江省为例的研究表明：2002年，福建省在90％粮食自给率和人均粮食消费水平400 kg情境下都存在耕地赤字。黑龙江省在此情境下存在耕地盈余。2002年福建省耕地赤字769.7千hm~2，相当于黑龙江省1185.3千hm~2耕地的综合质量。按照4.47万元／hm~2的年补偿标准计算，2002年以后福建省每年需要补偿黑龙江省的金额为5303万元。为此，在国土资源部领导下，成立耕地保护基金，负责补偿资金的核算、收缴和支付，并负责基金的使用方向以及耕地保护任务的落实。基于上述研究结果，文章为今后我国经济快速增长阶段强化耕地保护提出了一些政策建议，包括：从区域公平角度出发，明晰区域在耕地保护中的责任和义务；构建耕地保护区域补偿机制；强化耕地资源的价值核算；加快农用地分等工作；加大制度的实施力度，提高制度的违约成本等。