区域科技创新能力已成为区域经济社会发展的动力源泉,也成为其获取竞争优势的决定性因素。而建设区域科技创新体系是提高区域科技创新能力,推动区域科技创新的有效手段。区域科技创新体系作为国家创新体系的一个组成部分,对于推动国家创新系统建设,提高国家整体的科技水平,起到非常关键的作用,没有区域科技创新能力的提高,也不可能有国家整体科技水平的增强。政府在区域科技创新体系建设中起着桥梁和纽带的作用,扮演着组织者和服务者的角色。政府作为区域科技创新体系的组成部分具有统驭、协调社会各方面力量的职能作用。在充分发挥市场基础性配置作用的基础上,正确发挥政府的职能作用,可以使不同类型的创新行为整合为一个有机的整体,以通过相互之间的协同产生最大的创新绩效,纠正市场失灵。因此,在建设区域科技创新体系建设中,各区域政府功能的发挥十分重要。本文首先从理论的视角,在叙述了区域科技创新体系构成、建立原则、运行机制以后,对政府在区域科技创新体系建设中的主导功能进行分析。通过建立区域科技创新体系建设中政府主导功能评价的指标体系和科技创新体系绩效运行指标体系,运用多元线性回归分析方法以及相关性分析方法,将区域科技创新体系建设中政府主导功能与科技创新体系运行绩效建立起一种因果关系。分析了全国31个省份区域科技创新体系建设中政府功能的发挥情况。最后以山东省为例进行分析,对山东省区域科技创新体系建设中政府功能发挥存在的问题,以及科技创新体系建设的不足进行了分析,并提出完善山东省在区域科技创新体系建设中政府功能的对策建议。