冷战结束至今,菲美安全合作经历了曲折的演变历程。冷战结束初,随着菲律宾迫使美国撤出在菲军事基地,双边安全合作随之降入历史的谷底,但1995年和1998年两次“美济礁事件”的爆发促使菲美安全合作开始逐渐恢复。“911”事件后,美国开启全球“反恐战争”,菲美安全合作在共同反恐的目标下不断升温。然而,2004年发生的“伊拉克人质事件”导致菲美安全合作升温的势头戛然而止,双方安全合作在阿罗约第二任期内“大国平衡”政策的实施下呈现出了一种不愠不火的发展态势。随着2009年美国“重返东南亚”以及2010年阿基诺三世上台后中菲南海争端的持续摩擦,阿基诺政府逐渐将对外政策转向“联美制华”,菲美安全合作在针对中国的共同目标下又如火如荼的开展起来。冷战后菲美安全合作主要表现为“美国援助,菲律宾受助”的合作模式,其中,共同目标、双边关系和地区环境无疑是影响双方安全合作演变的三大因素,这使冷战后的菲美安全合作呈现出波动性和阶段性的特征。从冷战后双方安全合作的发展脉络看,菲美安全合作的层次无论是广度还是深度都在不断提升,而从发展现状看,双方安全合作在未来仍有进一步扩大的趋势。总之,菲美安全合作有效提升了AFP的军事实力,促进了菲律宾国内反恐和平叛的进展,同时也增强了菲律宾在南海争端中的国土防御能力。