猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的一种以母猪繁殖障碍和仔猪呼吸道疾病为特征的传染病。在PRRSV的全基因组序列中，Nsp2基因和ORF5基因序列变异最大，对这两个基因序列变异的分析在一定程度上能够反映PRRSV整个基因组序列变异的情况。本研究即通过对不同PRRSV毒株Nsp2基因和ORF5基因序列的测定和比较，分析我国流行毒株的遗传变异，进而了解我国PRRSV流行毒株的分子流行病学规律，为PRRS的防制提供必要的分子流行病学信息。 采用RT-PCR方法扩增PRRSV的Nsp2基因和ORF5基因片段，分别从10份PRRSV阳性组织材料中获得Nsp2基因的部分序列片段，从26份PRRSV阳性组织材料中获得ORF5基因片段。将扩增得到的cDNA片段克隆于pGEM-T载体中，进行序列测定和分析，发现在获得的Nsp2基因序列中有2个存在着缺失：BJ-13存在连续3个核苷酸的缺失，HB-4存在111个核苷酸的间隔缺失，其它8个Nsp2基因扩增的序列长度均为1108bp；获得的26个ORF5基因序列长度均为603bp。 序列比较结果表明所获得Nsp2基因序列核苷酸的相似性为76.1％～97.4％，与VR2332株的相似性为76.4％～99.6％，与LV株的相似性为38％～38.5％；获得ORF5基因序列核苷酸的相似性为84.1％～99.8％，与VR2332株的相似性为86.4％～99.5％，与LV株的相似性为62.3％～64.8％，表明所获得序列的流行毒株均属美洲型。参考国内外已经发表的Nsp2基因和ORF5基因序列，采用分子生物学软件绘制了PRRSV的遗传演化关系图。依据ORF5基因序列进行的遗传演化分析结果表明，美洲型PRRSV可分为4个亚群，我国目前流行的PRRSV毒株属于其中的3个亚群：以BJ-4为代表的毒株属于亚群1；以CH-1a，HB-1和HB-2株为代表的毒株属于亚群2；以BJ-13为代表的毒株属于亚群4。推导编码氨基酸的比较结果表明，分属于不同亚群的国内不同地区流行的PRRSV毒株在ORF5基因编码蛋白的潜在糖基化位点数目(2～4个)，表位区域(27～30aa，38～54aa和180～197aa)和与毒力相关的氨基酸(13位aa和151位aa)等方面均存在着变异。