退耕还林是我们国家为改善生态环境，保障国民经济可持续性发展而做出的一项重大决策，也是六大林业重点工程中涉及面最广、投资额最大、政策性最强的一项生态建设工程。然而该工程在执行中因投资大、利益相关者涉及广、群众参与程度高，受益者主体难以准确认定等问题，使得其蕴含的生态补偿问题也最为复杂。在此情况下，本文对现行生态补偿制度进行了评价，指出其存在问题，并以各种经济学和管理学的理论为基础，对退耕还林的生态补偿制度进行了制度创新。 本文在写作中主要分为三个部分。第一部分介绍了现行制度下退耕还林工程的基本政策，并结合大量的文献研究对当前我国以政府为主导的退耕还林生态补偿制度在农户、政府监管及生态环境改善三个方面存在的问题进行了分析。同时为了证明以上分析，作者对典型地区(甘南藏族自治州)的退耕还林工程运用层次分析法进行了政策的绩效评价，评价结果认为当前以政府为主导的制度虽取得了一定的成果，但仍存在经济效益和社会效益低、农民满意程度低等问题。第二部分首先介绍了退耕还林生态补偿制度的经济理论依据，其次通过借鉴对国外退耕还林补偿机制的经验，在延军平等人的研究基础上提出工程实施应在政府的监督下，通过引入代理企业，以加入市场竞争机制，建立一个市场化的生态购买制度，通过市场运作中的“看不见的手”更好的调节并完成现行的生态补偿制度。同时对这种生态市场的建立和定价模式做出了详细的设计，对这种制度的实施提出相关的政策建议，并对这一制度可能存在的实施成本大、企业参与度无法保证即政企勾结现象的存在等问题进行了阐述。为了更好地解决以上问题，本文第三部分引入了奥斯特罗姆等人提出的多中心治理理论，通过对此理论的实际运用对第二部分所提出的市场化退耕还林生态补偿机制进行完善，通过NGO组织的引入和信息的公开化，促使大量社会力量加入到退耕还林生态补偿的管理和实施中来，实现“政府-市场-社会”多方治理模式，同时提出了建立多中心治理模式的退耕还林补偿制度的配套政策，并指出当前我国法律基础薄弱和社会信任度低是影响我国多中心治理制度发展的现实阻碍。