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我国目前正处在经济社会高速发展的关键时期,提高自主创新能力、建设创新型国家作为国家发展战略的核心、提高综合国力的关键。而我国是发展中国家,在技术上仍需要引进FDI同时所带来的技术溢出。随着全球化的深入,世界知识产权保护的强化,受到知识产权保护影响的FDI对我国自主创新能力的影响作用备受关注。文章通过理论模型的推导,对知识产权的保护程度对于吸引外商直接投资从而影响自主创新能力的关系进行研究,并且运用VAR模型和PVAR模型分别对我国1991-2010年的全国和省际面板数据的FDI、知识产权保护和自主创新能力三个变量间的关系进行实证分析。研究结果显示：(1)提高自主创新能力,有助于我国外商直接投资的增长。而外商直接投资对自主创新能力的影响显得较弱,这是由于在我国的外商直接投资中来自发展中国家的比例要远大于来自发达国家的比例,而发展中国家或地区对我国的外商直接投资并不能带来很大的正的技术溢出,从而使得FDI对自主创新能力的提高没有产生明显的作用。(2)知识产权保护对外商直接投资的影响情况较为复杂。从整体上来看,较强的知识产权保护力度能够保证外资企业在技术方面的安全,从而增加对我国的外商直接投资。但就地区而言,由于我国是发展中国家,大部分地区的技术生产还是以模仿为主,弱的知识产权保护有助于提高以模仿为主的技术进步,而仿制品的增加却会导致FDI的减少。(3)知识产权的保护对自主创新能力的影响也是波动的。较强的知识产权保护可以促使发达国家在我国的R&D投入增加,并且其带来的技术转移能够提高跨国公司在我国的分公司的自主创新能力。但是,同时对于我国创新能力较弱、以模仿改造为主的本地企业来说,知识产权保护力度的加大,会导致仿制品的减少,从而影响自主创新的能力。最后文章结合实证分析的结果,提出了相应的政策建议：(1)引进技术含量较高的FDI,优化结构,建立信息化交流平台,带动我国企业的自主创新。(2)选择适当的知识产权保护强度,同时完善知识产权相关法律法规,提高全民的维权意识,增加法律人才和科技人员的培养。(3)进一步加大加快自主创新基础设施建设,鼓励本国企业提高自身的创新能力,从而提高本国企业在国际贸易中的竞争力。