白血病相关BCR-ABL基因的序列分析

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在90%以上的CML患者和30%的ALL患者的白血病细胞中存在Ph染色体,这是由9号和22号染色体易位形成的。这一易位使原位于22q11的bcr基因和原位于9q34的abl基因融合,形成bcr—abl融合基因。导致染色体易位的机制迄今不明。基于融合基因的结构特点和以往的研究结果,我们认为bcr、abl基因的重组与逆转录因子有很大关联。我们通过对bcr、abl基因进行序列分析来研究bcr、abl基因重组与逆转录因子的关联,主要从两方面着手:首先比对来源于HGP与来源于CML细胞的bcr、abl基因组序列,以明确CML细胞的bcr、abl基因组除了断裂、融合的改变之外,与正常细胞基因组相比是否还有其它的改变;其次我们对融合基因断裂位点的周围序列进行多序列比对,寻找保守序列,从中发现重组酶识别的特异性保守序列。 我们通过Genebank检索来源于CML细胞的bcr基因HSU07000,和abl基因HSABLGR1、HSABLGR2、HSABLGR3。再进行Human GenomeBLAST,检索到HGP的bcr基因组序列NT011520.5及abl基因组序列NT008338.3和NT008338.2。本实验通过BLAST和点阵序列图进行基因比对,发现bcr基因HSU07000与NT011520.5相比全部相同;abl基因HSABLGR1、HSABLGR2与NT008338.3相比,序列基本相同。值得注意的是,abl基因HSABLGR3的31854-38505、43665-44062片段与两个HGP的abl基因组序列比对,都未能找到匹配序列。在这两个片段中,我们发现了大量串联排列的Alu序列,还有5个abl基因的断裂位点,其浙江大学硕士学位论文 中文摘要中3个断裂位点位于Alu序列中,提示比、abl基因的重组与Alu序列有极大的关联。我们还发现两个 HGP基回组序列 NT008338.3 与NT 008338.2序列之间有很大的差别,结果显示来源不同的abl基因组存在着差异。 其次我们用MACAW对比、abl基因断裂位点周围序列进行了多序列比对,我们在比基因断裂点 5’端找到 3个保守序列:GCTNN’NN-CCTG(T/A)GATCC、CCCAG、AGCAGA;在bCr基因断裂点丁端,找到4个保守序列:CCAAGCCAG、GCAGA、CAGAAA、CTGG;在 abl基因断裂点 5,端,找到 3个保守序列:CCACCT、CCCAG、TCCC;在劝l基因断裂点3’端,找到2个保守序列:CAGCCT、AAAAA。其中CCCAG在her、abl基因断裂点的了端都有出现,很可能是由重组酶识别的信号识别序列。 我们在址、abl基因断裂位点周围序列中,通过多序列比对,没有发现 Giovanni Martined 报道的与转座子高度同源的保守序列5’-TGCAG-N(-4hp)-GCCC-3’。也没有发现V(D) 重组的信号序歹(RSS):CACTGTG-N(12-23bp)GGTTTTTGT,结果提示比、abl基因的重组与V*厂重组无关联。 如何解释来自不同细胞的abl基因如此大的差异?有两种可能性:或是重组前就己经存在,可能是诱发重组的原因;或是重组所造成的结果,也就是重组所插入的新序列。就我们目前的分析结果来看,还不能确定。这需要对更多的abl基因组进行比较和分析后才可能得出。我们今后将着重研究不同细胞的abl基因组序列的差别,及其与Alu序列的关联。
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