许多蛋白质功能的执行都依赖于蛋白质与配体相互作用这一过程,配体结合残基的识别对于蛋白质功能的研究有着重要意义。硫酸根离子便是生物细胞中一种重要的物质。在细胞活动中,硫酸根离子能够与众多蛋白相互作用,并在生物反应中扮演着重要的角色。但直接使用实验的方法来研究蛋白质与配体的结合过程,每次只能测定个别的蛋白质,而且存在很大的困难。理论预测方法相比实验方法有着省时、省力、耗费低的优点。由于之前没有大量的蛋白质配体结合位点数据的支持,故理论预测方向一直发展缓慢。在高通量技术迅速发展的后基因组时代,面对大量由实验得到的蛋白质配体结合位点数据信息,使得通过理论计算方法来研究蛋白质配体结合位点成为可能。　　本文的主要工作是对蛋白质中硫酸根离子结合残基进行了识别研究。具体内容概括如下:　　(1)利用LPC数据库(Ligand-Protein-contacts,LPC)对4442条分辨率大于3埃,相似性小于25％的蛋白质链中所包含的配体结合位点进行分析。对分析数据进行整理后,获得包含有硫酸根离子结合位点的蛋白质613个,包含1251条蛋白质链,其中共包含硫酸根离子结合位点2527个,含有硫酸根离子结合残基8112个。　　(2)通过统计分析,选取7个氨基酸残基作为最佳片段(窗口)的长度。在此基础上,进一步分析了硫酸根离子结合残基片段的氨基酸位点保守性、氨基酸组分特征、片段的氨基酸亲疏水保守性等特征信息。并根据统计分析的结果,选取了合适的参数来表征片段的序列特征。　　(3)选取氨基酸组分信息,氨基酸亲疏水信息,序列氨基酸关联信息和序列结构信息作为参数共同表示片段的序列特征,将特征参数的组合向量输入到支持向量机算法中对数据集中的蛋白质硫酸根离子结合残基进行识别。分别采用五交叉检验和独立检验,得到了良好的识别效果。其5交叉检验的识别总精度和MCC的值分别为78.5%和0.571。采用独立检验的识别总精度和MCC的值分别为72.7%和0.455。并分析了硫酸根离子结合位点对于连续结合残基的偏好,进行了初步的计算工作。　　(4)为了进一步深入研究,本文单独对酶蛋白中的硫酸根离子结合残基进行了识别。共得到包含于307个酶类蛋白质中的硫酸根离子结合位点1265个,含有硫酸根离子结合残基4590个。以氨基酸组分信息,氨基酸亲疏水信息,序列氨基酸关联信息和序列结构信息特征参数的组合向量输入到支持向量机算法中识别时,其5交叉检验的识别总精度和MCC的值分别为85.2%和0.704。独立检验的识别总精度和MCC的值分别为79.7%和0.595。　　(5)建立了识别蛋白质硫酸根离子结合残基的在线服务器。将HTML语言、脚本代码和服务器组件有机地结合在一起,创建了交互式的网页。提交FASTA格式的序列,既可给出对序列上的硫酸根离子结合残基识别的结果。