黄鳍马面鲀(Thamnaconus hypargyreus)是具有较高经济价值的鱼类，曾是南海最大宗的高产鱼种，是底拖网作业的主要捕捞对象。鲀形目(Tetraodontiformes)鱼类的分子系统学研究是国内外关注的热点，从种至目各分类阶元的系统发育研究中，多数是利用了部分或全部的线粒体基因组序列。为此，本研究通过设计15对引物进行PCR扩增并测序，首次获得了黄鳍马面鲀线粒体基因组DNA(MitochondrialDNA, mtDNA)全序列，并结合马面鲀属其它种类的mtDNA进行了线粒体全基因组水平的系统发育分析。黄鳍马面鲀mtDNA基因组序列全长16438bp，A+T含量为53.5%，其mtDNA由2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和1段786bp非编码的控制区(D-loop)所组成。除COⅠ起始密码子为GTG以外，其余蛋白质编码基因均以ATG为起始密码子。除了COⅡ, ND4和Cyt b使用不完全密码子(T或TA)为终止密码子以外，其余均使用典型的终止密码子TAA或TAG。除ND6和tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer、tRNAGlu及tRNAPro在L-链上编码之外，其余基因均在H-链编码。基因排列顺序与已测定的鲀类相一致。tRNA基因核苷酸长度为67~75bp。基于鲀形目线粒体基因组全序列构建的进化树表明，黄鳍马面鲀、密斑马面鲀(T.tessellatus)和绿鳍马面鲀(T. modestus)聚成一个姊妹群。研究表明，黄鳍马面鲀线粒体基因组的组成、顺序、编码链的选择、tRNA的结构以及GC和AT偏斜等，都与典型的脊椎动物线粒体相同，并且没有发现重排和假基因。基于马面鲀属鱼类线粒体全序列构建的进化树与形态学分类的阶元关系比较吻合，结果支持马面鲀属鱼类为一个单系类群。本研究将为黄鳍马面鲀线粒体基因组的遗传特点和物种多样性的分析提供分子依据。采用线粒体DNA编码区细胞色素b(Cytochrome b，Cyt b)基因片段为遗传标记，分析了南海北部陆架和南沙西南部陆架海域5个黄鳍马面鲀群体的遗传结构，判定南海北部不同海域之间以及南海北部与南沙西南部陆架海域黄鳍马面鲀属于同一个种群。结果表明，在156个个体的779bp Cyt b同源序列中共检测到56个变异位点和58种单倍型，5个群体间遗传距离为0.00295~0.00415，遗传分化性呈现出高单倍型多样性(0.8201~0.9804)和低核苷酸多样性(0.00262~0.00469)的特点；分子方差分析和遗传分化指数显示黄鳍马面鲀的遗传变异来自群体内个体间，群体间无显著遗传分化；单倍型网络结构图和群体系统发育树(邻接法NJ和最大简约法MP)结构均未出现明显的以地方群体为单位的家系式分支或者聚簇。采用线粒体DNA非编码区即D-loop区(Control region，CR)基因片段为遗传标记，同样比较5个不同地理群体间的遗传发育关系并结合种属界定标准判定，南海北部和南沙西南部陆架5个黄鳍马面鲀群体属于同一个种群。分析结果表明：在158个样品的636bp CR同源序列中共检测到103个变异位点和91种单倍型，基于核苷酸Kimura双参数替代模型计算得出的5个群体间遗传距离为0.00744~0.01141，高单倍型多样性(0.9419±0.0151)和相对较高核苷酸多样性(0.0095±0.00506)的特点总体显示其可能存在较高的遗传多样性；分子方差分析和遗传分化指数显示黄鳍马面鲀的遗传变异来自群体内个体间，群体间无显著遗传分化；单倍型网络结构图和群体系统发育树(最大似然法ML和贝叶斯法Bayesian)结构均未出现明显的以地方群体为单位的家系式分支或者聚簇，显示群体间不存在显著的遗传结构。比较分析5个不同地理群体间的遗传多样性，南海北部和南沙西南部陆架5个黄鳍马面鲀群体基因交流充分，存在遗传同质性，这一结论将为今后研究南海北部与南沙西南部陆架海域黄鳍马面鲀的洄游研究及资源管理提供科学依据。