鸡白痢沙门氏菌基因组文库的构建及其必需基因的筛选

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鸡白痢沙门氏菌是肠杆菌科沙门氏菌属的成员,对禽类具有高度的适应性和专嗜性,是目前危害世界养鸡业的病原之一。近年来,鸡白痢沙门氏菌的耐药性逐渐增强,急需开发安全、高效、种属特异的抗菌药物。   必需基因是维持一个细胞的生命活动所必不可少的基因,去除一个必需基因或者使其不表达或产物失活均会使一个生物体无法继续存活,所以微生物必需基因的翻译产物就有可能成为抗细菌药物的靶点。   本实验采用用随机PCR的方法获得鸡白痢沙门氏菌基因组的随机片段,将随机片段与pIDM1质粒连接,该质粒含有一个温度敏感复制起始蛋白RepAts,导致其在30℃能复制,而在37℃不能复制。连接产物转化到大肠杆菌TG1,共获得约5×105个克隆。肉眼目测蓝白斑比例约为1:9,随机挑取菌落,应用PCR方法进行复核,结果文库目的片段的插入率为90%(9/10)。将合并所有克隆抽提的质粒转入鸡白痢沙门氏菌,得到约5×105个克隆,随机挑取白色菌落,接种于含四环素的培养基中30℃培养30h,作适当稀释后涂布于四环素平板,37℃培养48h,重复验证平板上有无细菌生长,以判定插入片段的必需性。   如果37℃平板上有细菌生长,则该菌株所含质粒的克隆片段为非必需基因片段,选取筛选的非必需基因gidA,设计引物扩增其不同长度的片段,与pIDM-T连接后转入大肠杆菌TG1,抽提质粒转入本菌株,转换温度培养测定不同片段的IPC值;反之,37℃平板上无细菌生长,则该菌株所含质粒的插入片段为必需基因部分或空载体。实验从12384个克隆中筛选到503个克隆不能在37℃存活,用PCR方法确定插入片段的大小,得到413个片段大于150bp,重复验证重组率,分析测序获得的序列,除去含过短片段和重复片段的克隆,得到153个片段所在克隆的IPC值在0到8.0×10-6之间,其中58个片段为已知必需基因的部分,95个片段为本实验新鉴定的必需基因的部分。
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