珊瑚礁是这个星球上最壮观而又宝贵的海洋生态系统。珊瑚礁在塑造热带海洋生态系统的多样性、记录和保存环境变化信息、保护脆弱的海岸、为人类提供药物和食物来源，并且在渔业和旅游业方面给人类带来巨大的收益。但是由于气候变化、水体污染、人类对珊瑚礁的过度索取等因素，珊瑚礁正在面临着严峻的考验，西沙群岛永兴岛的珊瑚礁更是如此。永兴岛造礁珊瑚已有不少学者开展过研究，但大部分为调查式的，缺乏系统的、定量的全面性研究。本论文采用了海洋生态学、数量生态学和碳酸盐沉积学多学科交叉的手段对永兴岛珊瑚礁坪底栖群落和浅海碳酸盐沉积进行了系统调查和研究。得出的主要结论如下:Ⅰ.从主成分分析PCA(Principal Components Analysis)排序结果来看，PCA二维图能够直观的反映礁坪底栖群落相互之间的关系，一定程度上也能说明礁坪底栖群落随不同生态梯度的分布规律。Ⅱ.应用TIWNSPAN(Two-way Indicator SpeciesAnalysis)对样方划分出5个大的分组，分组结果与CCA(Canonical CorrespondenceAnalysis)对样方的排序具有高度相似性，也与人工对野外调查结果进行的定性分类有着很大的一致性。Ⅲ.典范对应分析CCA的物种环境双序图很好的反映了物种之间的关系、象限与象限之间物种分布的相关性。Ⅳ.根据数量生态方法对样方的排序，结合实际调查情况，把永兴岛东侧礁坪生态群落划分为底质砂群落、宏藻群落、苍珊瑚群落、礁缘突起带群落、礁塘珊瑚群落和礁坪前缘珊瑚丛林群落。V.依据生态位宽度结果表明永兴岛东侧礁坪内带和外带都存在着大量的泛化种，这些物种对生境有着很强的适应能力，个别物种仅是在个别群落有大的生态位宽度值，反映了该物种在该群落是泛化种，在其它群落则为特化种，这些种对生存环境是有选择性的。Ⅵ.在研究区一般生态位宽度大的物种会和其它物种的重叠度也高，这种物种在竞争中很有优势，也有一些重叠度高的两个种群在生态位宽度上却是不大的，这说明两个种群利用的资源量虽然不是很大，但它们之间对资源要求的段位处于比较相似的程度，从而导致它们之间的生态重叠度很高，对资源的竞争非常激烈。Ⅶ.永兴岛礁坪的沉积分带由陆至海依次为海岸沉积带、礁坪内带、礁坪外带、礁缘突起带和礁坪前缘。Ⅷ.永兴岛东侧礁坪和北侧礁坪在沉积模式上有着明显的差异:东侧礁坪为缓坡型，地貌上在礁坪前缘缺乏明显的转折端，北侧礁坪则为陡坡型，在礁坪前缘存在坡度非常大的转折;在北侧礁坪前缘存在有和礁坪前缘垂直的槽沟-坡脊体系，在东侧礁坪则主要为礁塘体系，礁塘的长轴与礁坪前缘平行，前者形成与风浪有关，后者主要原因在于珊瑚的差异性生长。Ⅸ.应用非培养分子技术表明在感染珊瑚的黑带病席中，微生物群落是高度多样性的，蓝细菌在黑带病席中为绝对优势菌群，黑带病可能在环境和生理压力的双重作用下发生。Ⅹ.从人为压力和自然干扰两大方面探讨了永兴岛珊瑚礁在短时间内急剧衰退的可能因素，认为黑带病的大规模爆发是最有可能导致这种情况发生的原因。Ⅺ.对于永兴岛珊瑚礁的衰退，提出了以下恢复对策:开展造礁珊瑚规范的定期调查、加强珊瑚疾病监测、改善珊瑚幼体附着基底、加速自然恢复进程、进行珊瑚移植、投放人工鱼礁、增加良性人为干扰措施和建立珊瑚礁自然保护区。