在经济形势日益复杂多变的背景下，生物医药正成为继新能源之后又一个增长最为迅速的高成长性行业之一。21世纪以来，生物技术与信息技术、纳米技术、新材料等其他高技术相互结合，正在形成以基因技术为主要核心的生物医药技术产业链，这就为生物医药的高速良性发展提供了良好的契机。如今，世界上许多国家都不约而同的将生物医药技术作为21世纪科技发展的关键技术，我国也一直将生物医药作为生物技术研究开发的重点。经过几十年的发展，我国的生物医药正摆脱过去跟踪模仿、项目攻坚以及单一技术突破的老路，逐渐向自主研发、产业集群化和全面协调的方向发展。不可否认，我国的生物医药在“先天条件不足”的情况下依然取得了不俗的表现。但是，在成绩的背后，各种问题日益凸显，其中，对投资风险的认识不足导致的投资失败值得关注。然而，尽管目前对投资风险和生物医药其他方面的研究很多，但将两者结合起来研究的却很少，缺乏实用性及可操作性，难以对实践发挥有效的引导作用。因此，加强对生物医药行业投资风险的研究具有很强的现实意义和必要性。本文以生物医药行业中存在的投资风险为研究对象。在研究方法上不仅采用了传统的规范研究，同时引入了实证研究的方法。结合国内外相关研究，为了更好地评估生物医药的投资风险，笔者以投资风险的来源为依据建立风险评估指标体系，以反映投资风险的影响因素。在指标权重的赋予方式上则采用层次分析法进行赋值，最后运用模糊综合分析法得到生物医药行业投资风险评估的结果。同时，本文以生物芯片、干细胞与再生医学、疫苗与抗体工程和纳米医药为例进行实证检验，运用该评估方法衡量了我国生物医药行业的投资风险水平。研究结果表明，投资生物芯片的风险水平为高风险，投资需谨慎；干细胞与再生医学的投资风险水平为中等风险，可以进行适度投资；疫苗与抗体工程和纳米医药的投资风险都为较高风险。相比前人的研究成果而言，本文在构建生物医药投资风险指标的基础上创建了评估生物医药行业投资风险的研究体系，该体系有利于对生物医药行业的投资风险进行初步判定，并为实际投资作铺垫，也可为政府相关部门制定合理政策、引导生物医药行业健康有序的良性发展提供理论依据。