中国经济正在持续高速发展，中央政府考察地方经济发展和地方政府业绩时，很大程度都根据GDP的增长，而没有立体全方位地进行评估，这就导致了许多地区政府和管理部门都以牺牲环境资源作为代价，所以，近年来国家重点流域的水污染现象日趋严重，而跨行政区流域的水污染尤其成为治理的大难点和大障碍。在我国，跨越两个或者多个行政管辖区的江河流域数目繁多。同一流域流经的不同行政区域，所处的利益一般是截然不同的。下游地区经济和生产发展的必须条件是有足够的、清洁的水资源，而上游地区可能会利用地理上的先天优势，充分利用水资源，并进行污染物的排放和输送。这成为上下游之间导致水污染纠纷最根本的原因。虽然，我国关于跨行政区水污染防治的法律制度体系在不断完善，相关的法律制度和地方法规条例相继出台，努力与时俱进，但现实生活中仍然存在很多管理和执行上的欠缺。近些年来，由于某一上游地区的大肆污染，导致下游地区人们的生活和工作环境受到严重威胁，类似新闻媒体曝光层出不穷，但很多事件都是当时被炒得火热，但过不了多久就销声匿迹，上游污染继续存在，下游人们继续受灾。这些反映了我国的相关法律制度在立法、执法和守法等方面都有待积极地加强和完善。本文着重讨论跨行政区水污染防治的法律制度，分四大部分:第一部分为目前我国跨行政区水污染防治的法治现状，从概念的界定入手，分析目前跨行政区的水污染现状，强调了进行跨行政区水污染防治的必要性和重要性，举出了建国以来国家和地方颁布的一系列关于跨行政区水污染防治规定的诸多法律条文；第二部分是找出现有的法律制度存在的诸多问题，从目前我国在跨行政区水污染预防、治理、救济方面的法律制度实施现状出发，发现许多亟待改善的缺陷，包括跨行政区水污染管理的政策不完善、法规体系不健全、管理制度不全面、缺乏科学的绩效考核机制、无法打破地方保护主义、对法律的执行没有公众监督的有效机制等；第三部分是给出完善法律制度的思路和建议，一方面政府要制定和完善关于跨行政区水污染防治的政策，另一方面要加强水污染防治的立法体制，理清各法之间的关系，统一相关的专业术语，明确各管理机构的职责，特别要完善程序法和污染损害认定评估制度，对于行政机构不作为要进行处罚和处理，积极推动公益诉讼，定时进行水质信息通报，改善排污收费制度，建立专门的环保法庭等。除此之外，还要构建有效的水污染防治体制，借助经济手段协助水污染防治的管理，加强对地方官员的环保考核，重视对环境污染的风险和预警应急制度，引入污染损害保险制度等；第四部分是总结，对跨行政区水污染的防治和管理要树立一个健康综合的理念，让从上到下的决策支持系统公平公正，同一流域的行政区域之间能换位思考，积极配合司法和行政手段，让公众积极参与进来，共同推进跨行政区水污染防治的进程。