国际竞争在经济全球化的背景下愈演愈烈,由于高新技术产业在很大程度上决定着一个国家的经济实力,而R&D活动又是科技活动的核心和基础,是创新活动的源泉,因此, R&D活动愈来愈成为一国经济发展战略实施的核心,R&D活动对国家综合竞争能力的提高起着越来越重要的作用。然而R&D经费的增加并不总能保证有相应的令人满意的经济产出,如何测度R&D活动的效率,如何促进区域R&D效率的提高,进而提升国家或区域核心竞争能力是决策者亟待解决的问题。本论文根据国内外研究现状以及我国R&D效率评估存在的问题,运用数据包络分析(DEA)和Malmquist指数法建立了R&D效率评价指标体系,构建了评估R&D效率的DEA模型以及R&D生产率评价模型,计算了1999~2007年间31个省市的R&D活动效率,运用实证分析方法首先从纵向评价了我国整体以及东中西部的R&D综合效率、技术效率、规模效率,由整体到局部分析了我国地区R&D效率差异化的原因,然后以2007年R&D数据为截面数据,从横向分析了我国R&D内部投资结构,指出了我国投入产出不匹配,规模效益不佳的原因,并给出了调整后的投资比例;最后用Malmquist指数法分析了R&D生产率变化的因素,指出了推动我国R&D活动进步的省份,为其他地区决策提供参考,最终通过调整R&D投资结构、优化R&D资源配置来提高R&D投资效率。