随着经济社会的发展，水资源短缺与水污染形势加剧，水资源冲突增加，水资源冲突已成为制约地区经济发展的重要因素，研究水资源冲突管理的理论与方法以指导流域水资源冲突管理的实践，是构建和谐社会的一个重要议题。本文研究了水资源冲突的内涵，按不同标准对水资源冲突进行了分类，在大量案例分析的基础上，对水资源冲突的表现形式进行了梳理，探讨了流域水资源冲突的深层原因及冲突解决机理，得出了必须从决策、组织和控制手段方面着手，对水资源冲突进行集成管理的结论。概述了水资源集成管理的发展历程，在综合国内外机构与学者对水资源集成管理相关看法的基础上，对流域水资源集成管理的定义进行了探讨，提出了流域水资源集成管理的理论框架，分析了流域水资源集成管理的支撑条件、可行性与障碍。决策集成是流域水资源冲突集成管理的基础。本文构建了流域水资源定量与定性综合决策的理论框架，提出了流域水资源集成规划的目标体系与实施策略；分析了流域水资源外部性的种种表现，提出了流域水资源外部性问题的内部化措施。以水电开发为例，提出了基于冲突缓解的流域水资源开发决策集成的思路。组织集成是流域水资源冲突集成管理的关键。本文分析了水资源管理平行机构之间冲突的影响因素及集成管理的组织安排条件，设计了三种流域水资源冲突管理的组织集成方案，提出了基于“凹凸槽”原理的流域水资源管理平行机构的集成机制及其实现途径。集成控制是流域水资源冲突集成管理的保障。本文在不同博弈分析模型的基础上，对流域水资源水量与水质分配双重冲突集成控制的必要性进行了理论分析；对流域水资源集成控制系统的结构进行了设计，提出了流域水资源冲突集成控制方法体系；以跨界水污染冲突为例，提出了流域水资源冲突集成控制的对策。建立了反映流域水资源冲突风险的多层次递阶指标体系，在GEM—AHP计算模型的基础上，建立了流域水资源冲突风险评价的物元评价模型，对资水流域水资源冲突风险进行了评价，并根据评价结果，提出了集成管理对策。运用构建的流域水资源冲突集成管理理论框架，对荆江、洞庭湖防洪冲突进行了实例分析。从决策过程、组织安排与集成控制等方面提出了荆江、洞庭湖防洪冲突的集成管理对策。