酸性多糖中羧基和硫酸根等酸性基团的存在，影响了其在甲基化溶剂中的溶解，致使甲基化程度往往较低，且糖醛酸中羧基的存在导致酸性多糖不易气化和水解，限制了其应用气相-质谱连用（GC-MS）进行结构分析，制约了甲基化方法在酸性多糖中的应用。本文对甲基化分析过程中出现的酸性多糖不易在甲基化试剂中溶解和硫酸根位置不易确定等问题进行了研究，以含有糖醛酸和硫酸根的酸性多糖标准品硫酸软骨素（CS）为原料，对含有糖醛酸的酸性多糖还原的条件进行优化，确定最佳的糖醛酸还原条件；对含有硫酸根的酸性多糖的脱硫方法和其在甲基化试剂中的溶解性等问题进行了探讨，对比研究确定最佳的酸性多糖甲基化条件，为酸性多糖的结构分析奠定基础。首先以CS为研究对象，对糖醛酸羧基还原的方法进行改良。比较了钠型和氢型CS样品分别在不同缓冲液体系、控制pH值的条件下，还原率的高低。结果显示，氢型CS在改良后的75%四氢呋喃-0.1mol/L2-吗啉乙磺酸（THF-MES）的缓冲液中，pH4.75和50℃的条件下，采用碳二亚胺-硼氢化钠（EDC-NaBH4）法还原，糖醛酸还原率高达98%以上，明显高于钠型。比较了不同检测方法测定糖醛酸还原率的优劣，结果显示高效液相色谱（HPLC）法快捷方便，结果准确，是一种理想的糖醛酸还原率检测方法。将该方法应用于不同结构的酸性多糖糖醛酸还原中，表明该方法具有普适性，不仅适用于CS类，同样适应于透明质酸（Hyaluronic Acid）和肝素（Heparin）中糖醛酸还原，也适用于海洋来源的聚甘露糖醛酸（Polymannuronic Acid）及褐藻糖胶（Fucoidan）中糖醛酸的还原，为不同酸性多糖结构分析，尤其甲基化分析中确定多糖连接方式提供了前提。对酸性多糖甲基化分析中样品溶解性差和脱硫不完全等问题进行探讨。通过将含硫酸根的CS与不同碱成盐进行甲基化，发现将CS与三乙胺成盐能极大提高其在甲基化试剂中的溶解、提高甲基化产率，全甲基化产率可达40%。通过比较CS通过PMA法和甲醇-DMSO法进行脱硫，发现采用PMA法脱硫后硫酸根含量低、分子降解程度较低，是一种比较理想的脱硫方法。通过将CS及其他酸性多糖经过糖醛酸还原和PMA脱硫以后，GC-MS结果显示样品离子响应明显提高，说明此方法适于含有糖醛酸和硫酸根酸性基团的酸性多糖甲基化，利于进一步的结构研究。且首次发现多硫酸根样品甲基化后全甲基化样品会较多溶于水层，对水层与氯仿层样品同时进行GC-MS对比分析，可得到较准确的结构信息。本文利用所建立的方法，通过对不同结构的含有糖醛酸的酸性多糖进行了验证，表明改良的糖醛酸还原法是一种理想的还原方法，为各种来源酸性多糖中糖醛酸的还原以及酸性多糖的结构分析提供了有用参考；对甲基化分析中问题进行探讨优化，解决了含有糖醛酸部分发生β-消除影响结构的测定，硫酸基团影响酸性多糖溶解性等问题，为酸性多糖甲基化后续研究奠定了基础，为从事酸性多糖构效关系研究以及海洋糖类药物开发提供了基础。