目前,世界发达资本主义国家基本上都已经确立了以直接税为主的税制体系。我国目前的税制体系仍然是以间接税为主。　　 本文通过简述税收中性理论的发展,良性的税收应该保持中性,即不影响市场经济体制的正常运行,不扭曲资源配置。税收中性理论的基础是税收超额负担理论。经过对比国内外税制改革的历程,可以看出由间接税逐渐向直接税变革是税制变革的大方向,世界各国越来越重税收中性的作用。　　 增值税,营业税等间接税对商品的相对价格有较强的干扰作用,改变生产者和消费者的选择,对资源配置有较强的扭曲作用。而所得税只是改变了企业的税后可支配收入,对商品相对价格的干扰不大,对资源配置效率的损失小于间接税,因此马歇尔认为在税收效率上直接税优于间接税,能在市场机制下合理的配置资源。　　 文章通过介绍我国铁路运输企业的现状,结合其特殊性,分别对增值税,营业税,所得税进行分析,并利用神华集团煤制油工厂厂址选择的案例补充税收缴纳制度对税收中性的影响,提出铁路运输企业的改革应该双管齐下,在间接税与直接税上分别进行。　　 经过理论与实践的分析,确定直接税与间接税在资源配置上的作用,并以此为依据针对我国现状提出较为可行的建议。