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三种药用植物沉香、降香、钩藤均具有较多药理活性和较高的药用价值,但存在以假乱真、以次充好及近缘物种难以区分等现象。DNA条形码技术经过10多年的发展与应用,被广泛用于药用植物的物种分类与鉴定,可以弥补传统鉴定方法的不足。本文以这三种药用植物所在属(沉香属、黄檀属、钩藤属)的属内物种为研究对象,基于多条通用条形码(ITS、mat K、rbcL、psbA-trnH和trnL-trnF)序列,对DNA条形码技术在药用植物中的可行性进行验证,同时探讨这三种药用植物的属内系统发育关系,为它们的鉴定与分类提供理论依据。得出以下结论:(1)沉香属系统发育分析:使用6个DNA条形码(ITS、matK、rbcL、psb A-trnH、trn L-trn F和ITS+trnL-trnF)对沉香属及拟沉香属23个物种共608条序列进行分析,结果表明组合条形码ITS+trnL-trnF序列具有较多变异位点、较大的种内种间距离和较高的物种鉴别率,且系统发育树中具有较好的分辨能力,但仍较难清晰区分Aquilaria crassna和Aquilaria subintegra这2个近缘物种。(2)黄檀属系统发育分析:本实验先对3个降香黄檀(Dalbergia odorifera)样品进行DNA提取、纯化及PCR扩增,进而对GenBank中已有的黄檀属序列进行序列特征分析和系统发育学分析,实验的相关结果表明改良CTAB法可用于降香黄檀的DNA提取,组合条形码ITS+mat K+rbcL具有比较好的物种鉴定能力,能较好地反映黄檀属物种之间的差异,因此建议使用该组合条形码作为鉴定黄檀属植物的DNA条形码。(3)钩藤属系统发育分析:基于《中国植物志》中记录的12个钩藤物种共132条ITS序列进行分析,结果表明ITS序列比ITS2序列拥有更多变异位点;在系统发育树中,ITS序列阐明了大部分钩藤属物种的亲缘关系;ITS2二级结构可作为区分云南钩藤Uncaria yunnanensis和恒春钩藤Uncaria lanosa的候选方法。