【摘 要】
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分析和识别单体型对基因的精确定位、了解基因功能、复杂疾病诊断和药物研究等有着重要作用。不幸的是,由于当前实验条件的限制,通过生物学方法直接测定个体单体型所需的时间
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分析和识别单体型对基因的精确定位、了解基因功能、复杂疾病诊断和药物研究等有着重要作用。不幸的是,由于当前实验条件的限制,通过生物学方法直接测定个体单体型所需的时间和金钱花费十分昂贵,利用计算机技术来确定个体单体型具有极其重要的现实意义。单体型组装问题是利用个体DNA片段测序结果获取一对完整单体型的问题,目前大部分单体型组装问题的计算模型都被证明是NP难的,因此设计快速准确的单体型重建算法来解决单体型组装问题成为生物信息学的一个重要研究方向。我们首先对单体型组装问题已有的计算模型和重建算法进行了研究,进而通过对重建过程的分析,提出了一种新的算法。该算法根据SNP位点之间相同或相异的关系把SNP矩阵转化为位点关联图,通过寻找位点关联图的无冲突着色序列来完成重建过程。实验表明,我们提出的这个算法拥有良好的性能表现,能够准确的进行单体型重建。与目前性能优秀的另外两种算法相比,在同等情况下该算法所需的运行时间更短,具有较高的实用价值。一个算法性能的优劣要通过实验进行检测,在命令行环境下进行实验,操作繁琐且结果可读性差,实验结果数据需要单独处理,实验过程单调乏味。我们在算法实验研究中发现目前缺乏实用的可视化平台来取代命令行操作,于是设计并开发了一个可视化的单体型重建算法测试实验平台。该平台基于目前比较成熟的几种JavaWeb技术,部署容易,可扩展性好,可视化界面操作使实验过程简便易行,实验结果明了直观并且可以导出保存,为算法实验工作提供了极大的便利。
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