在瑜伽行派典籍传入中国之后,形成了以真谛为主的唯识古学和以玄奘为主的唯识今学,后人对这两个支派的法相唯识思想常有争论。唯识古学的体系是以阿摩罗识(圆成实性)为一切法的根本所依,融贯了如来藏思想。在生灭门中,分别性为境,依他性为识；分别性无相,依他性无生。分别性与依他性同一无性为真实性,两者关系是非一非异的。在还灭门中,唯识观行分为“方便唯识”(遣除“分别性”)和“真实唯识”(遣除“依他性”),最终达到“境识俱泯”的唯识真义。最后究竟果位中的净识为阿摩罗识,此时依他性已泯,三性唯留真实性,达到圆满。唯识古学从“二重二谛”中的胜义谛空性认识依他起思想。二谛思想是俗有真无,判依他起为俗谛,是虚妄杂染的。转依思想为“所依转变”,即自我存在基体的全然改变。唯识今学的体系是以第八识(依他起)的染净种子为一切有漏法、无漏法生起的亲因缘。在生灭门中,众生生死流转是遍计所执性导致的。能遍计之识是第六、七识,所遍计之境为依他起性。遍计所执性是依他起性的染分。还灭门中,唯识观修是以“唯识五位”的体系来修证的,于依他起性上遮除遍计所执性为圆成实性(净分依他起性)。如来果位之智包括“根本智”与“后得智”,如来四智是于净分依他起上所起的妙用。唯识今学以“道理世俗谛”的立场来建立依他起思想。二谛思想是俗无真有,判依他起为真谛,是真实清净的。转依思想为“转变所依”,即种子等之消灭、活动停止、非显现。