高等院校作为国家知识创新的重要平台，在中国教育和科技体制改革的不断深入和建设创新型国家的大背景下，基础研究成为高等院校知识创新活动的一项重要内容。基础研究的能力、水平和绩效成为衡量高等院校综合竞争力的重要指标之一，对于国家的经济社会发展、科技竞争力提升起到了关键的科技支撑作用。　　 在现行的财政体制和科技管理模式下，财政科技支出作为高等院校基础研究的主要资金资助来源，其使用效果和效率受到权力机关、参政议政部门、政府相关管理部门、高等院校管理者以及公众的关注。开展基于财政科技支出的高等院校基础研究绩效评价既是政府相关管理部门配置、管理这部分财政资源的决策需要，也是高等院校加强内部管理，提高知识创新能力和水平的重要手段。然而，我国财政绩效预算与支出绩效评价目前处于探索实践阶段，缺乏比较深入、全面的理论和方法研究。现在普遍使用的评价方法并不能完全客观地评价基于财政科技支出的高等院校基础研究绩效。因此，遵循科学研究活动的内在规律，研究基于财政科技支出的高等院校基础研究绩效评价体系，对进一步研究构建完整的高等院校科技投入绩效评价体系具有积极意义。　　 本论文对基础研究的内涵、绩效的特点，以及国内外在绩效评价研究与实践方面的进展进行了系统研究。根据广东高等院校基础研究的基本特点、活动规律，借鉴部分国内外研究与实践成果，运用定性与定量分析相结合的方法，研究构建起具有广东特色，包括绩效指标、指标量化系数、多角度绩效分析等在内的基于财政科技支出的高等院校基础研究绩效评价体系。设计出具有可操作性的绩效评价方法。运用主成分分析模型和统计分析软件，成功地对广东地区2所部属和6所省属大学的基础研究项目绩效进行了评价研究，得出了可供管理部门决策参考的基础研究项目绩效评价结果，以及以大学为单位的基础研究总体绩效评价结果。在涉及科学研究活动的政府财政科技支出绩效评价领域进行了有益的探索，取得实质性的结果。