2017年新修《行政诉讼法》以立法的形式正式确立了行政公益诉讼制度,并赋予检察机关起诉主体的地位,规定了受案范围、诉前程序内容,对司法审判实务起到了权威性指导作用,但对于举证责任未做规定,虽然最高人民法院和最高人民检察院出台了一系列规范性文件,对检察机关承担的举证事项、范围作出了规定,但过于简单、可操作性不强等问题,致使在司法实践中的适用性不强,检察机关在司法实践中几乎承担了所有的举证责任。举证责任作为行政公益诉讼制度中关键性的一项内容,对于整个制度的运行起着至关重要的地位,因此合理、科学规定举证责任规则,有利于规范诉讼中诉讼主体的诉讼行为,推动整个诉讼程序的有效进行。本文主要分为三部分内容,第一部分内容分析了相关基础理论。首先,阐述了举证责任的概念;其次,分析理论基础,包括公益有限理论、分权制衡原理和诉讼担当理论;最后,对检察机关提起行政公益诉讼与其他相关诉讼制度的举证责任进行比较分析。第二部分内容从法律规范层面关于举证责任的规定和具体司法实践中运行的现状两方面,阐述了举证责任的现状,并通过现状来发现和找出当前举证责任存在的主要问题,着重对举证责任分配规定未能明晰、公共利益侵害构成要件举证责任分配未能明确和相关配套保障措施不完善具体存在的三方面问题进行了详细的阐述。第三部分内容针对举证责任存在的问题,立足于本国具体国情,有针对性的提出改善建议。首先,适用“检察机关和行政机关之间合理分配举证责任规则”以及明确双方之间具体需要承担的举证事项;其次,对公益损害构成要件举证责任在行政机关和检察机关之间进行分配;最后,建议通过立法的方式赋予检察机关在行政公益诉讼案件中具有调查取证权,并增强调查取证权的刚性法律保障和健全公益损害司法鉴定机制等相关配套保障措施。