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本文通过对大庆油田典型的污水回注工艺采出液的微生物菌落结构分析，发现油藏系统中微生物资源比较新颖，注水开发是决定微生物群落在油藏生态系统中分布状况的主要因素。长期以来油田大量使用污水回注工艺，导致地下油藏的微生物种群多样性降低。研究结果表明，采出液中的细菌分别属于5个OUT优势类群，主要分布在变形菌门d、β、e、γ-变形菌纲，厚壁菌门柔膜菌纲(Mollicutes)、梭菌纲(Clostridia)；脱铁杆菌门脱铁杆菌纲(Deferribacteres)；拟杆菌门拟杆菌纲(Bacteroidetes)；酸杆菌门(Acidobacteria)酸杆菌纲(Acidobacteia)以及广古菌门甲烷杆菌纲(Methanobacteria)。
注水采油工艺中硫酸盐还原菌的大量繁殖可能主要发生在地面水处理过程中，在该系统中SRB(硫酸盐还原菌，SulfateReductionBacteria)种群结构未发生显著变化，但细菌总体的种群结构发生了很大的变化。从采出水中筛选出的SRB菌，除常见的革兰氏阴性菌外，还筛选出一株少有报道的革兰氏阳性，能产生芽孢的SRB菌，表明长期大量使用杀菌剂，已使油藏中的微生物菌群结构发生抗逆性适应。
对厌氧反硝化菌的筛选共建立了2个筛选模型，从采出液中分别筛选出了一株异养反硝化菌DNB-1和自养反硝化菌脱氮硫杆菌的混合培养物，经16SrRNA鉴定DNB-1为恶臭假单胞菌(Pseudomonasputida)。反硝化细菌对SRB菌的竞争抑制实验表明，反硝化细菌在添加有硝酸盐的条件下能有效地抑制SRB菌的数量，抑制硫化氢的产生。而亚硝酸盐的抑制作用不仅时间上要长于硝酸盐的作用，还能明显降低SRB菌的数量。磷酸盐可作为一种营养元素添加，抑制H2S的产生。通过调整营养元素配方和投加优势拮抗菌，注水系统中SRB菌的数量和活性应该得以有效控制。