丹参是唇形科鼠尾草属植物Salvia miltiorrhizaBge.的干燥根及根茎，在中药体系中占有重要地位。随着丹参需求量的大幅度增加以及野生资源的逐渐减少，栽培品已成为丹参药材的主要来源。甘西鼠尾草、滇丹参、拟丹参和毛地黄鼠尾草等由于和丹参外观的相似性，经常被误认为丹参。尽管分子标记在鼠尾草属的鉴别中早已有所应用，但是丹参与其混淆品间仍需建立一种快速有效的鉴定方法。另外，虽有研究表明山东产丹参均为优质丹参，但省内不同产区、不同丹参种质间的药用成分含量差别很大。由于丹参的变种或变型在药材性状上的差别不大，缺乏有效的鉴定方法，因此各产区向来混同收购，严重影响了山东丹参药材产量和质量的稳定性，并成为丹参规范化栽培及优良品种选育和推广的瓶颈。　　本研究以正品丹参、4种丹参混淆品、及山东丹参的4个居群及烟台航天丹参品种为材料，利用核DNA的内转录间隔区及Major latex-like protein（MLP）基因序列为目标，分别挖掘了正品丹参、山东莱芜丹参居群和烟台航天丹参的特异SNP分子标记，并利用等位基因特异PCR进行了鉴定，实验结果如下：　　1．核DNA的内转录间隔区序列对丹参、甘西鼠尾草、滇丹参、拟丹参和毛地黄鼠尾草这五种鼠尾草属物种分析，发现了其核内转录间隔区具有丰富的DNA多态性和大量的单核苷酸位点。利用等位基因特异性引物（SMR、SSR和SYR）建立的多重PCR体系能够在一个反应中同时鉴定4种鼠尾草属物种。　　2．利用MLP内含子基因序列对山东省内不同地理居群丹参分析，发现不同居群中存在大量的单核苷酸多态性位点及缺失插入序列。其中莱芜产丹参在562 bp上存在SNP特异性位点。针对此位点，设计了位点特异性引物LWF，并利用多重特异性PCR成功鉴定出莱芜产丹参。　　3．烟台航天丹参在MLP内含子区域存在一段特异性的插入，依此设计航天搭载丹参的特异性引物ASF、ASR，利用这对引物可成功将烟台航天丹参从山东省内其他居群丹参分辨出来。　　因此，丹参与其丹参掺杂品这种鉴定的方法不仅简单可靠，而且作为一种重要工具弥补了在控制丹参质量上形态学鉴定和化学鉴定的不足。另外，在本研究中发现在MLP内含子基因区域在丹参种内存在大量的多态性，并可用于筛选和鉴定航天搭载丹参品种和莱芜丹参地理居群，该方法可为其他中药不同居群的区分和鉴定提供借鉴。