目的:本研究以肠道菌群为出发点,采用实时荧光定量PCR技术,对功能性腹痛综合征（FAPS）患者肠道中的双歧杆菌、乳酸杆菌、大肠杆菌、肠球菌进行定量分析,以此探讨功能性腹痛综合征（FAPS）患者是否存在菌群变化,从而为功能性腹痛综合征（FAPS）的发病机制提供新线索,为功能性腹痛综合征（FAPS）的治疗寻求新的靶点。方法:采用前瞻性、随机、对照研究,将研究对象分为病例组与健康对照组两组。病例组为就诊于我院消化科门诊的40例功能性腹痛综合征（FAPS）患者,健康对照组为同时期40例无慢性消化道疾病的健康体检者。收集病例组与健康对照组受试者新鲜粪便,提取粪便基因组DNA,进行实时荧光定量PCR反应。该反应是以提取的基因组DNA为模板,以4种待测靶细菌的16SrRNA基因序列为特异性引物进行的。反应结束后由PCR软件分析计算出两组样本待测基因的拷贝数,并以此拷贝数作为定量结果,将此结果用SPSS 20.0统计软件进行统计分析,组间差异应用独立样本t检验比较,P<0.05为差异有统计学意义。结果:与健康对照组相比,功能性腹痛综合征（FAPS）患者粪便中双歧杆菌（5.66±0.54 ^vss 5.87±0.58）、乳酸杆菌（6.96±0.44^vss 7.10±0.38）数量明显减少,P<0.05,差异有统计学意义,大肠杆菌（9.04±0.48 ^vss 9.02±0.42）、肠球菌(4.79±0.54^vs4.80±0.62)数量无明显变化,P>0.05,差异无统计学意义。结论:功能性腹痛综合征（FAPS）患者粪便中双歧杆菌、乳酸杆菌数量较健康人群明显减少,这表明功能性腹痛综合征（FAPS）患者肠道优势菌群发生变化。双歧杆菌、乳酸杆菌等益生菌制剂可能成为治疗功能性腹痛综合征（FAPS）的药物靶点。